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Aufgrund einer Vielzahl analytischer Fragestellungen und der großen Anzahl verschiedener Arten von Mikroorganismen werden in der Mikrobiologie zahlreiche Methoden zur Untersuchung der Keime angewandt. Häufig eingesetzte Verfahren sind die Unterscheidung der Mikroorganismen anhand ihrer morphologischen Merkmale und ihre Charakterisierung durch biochemische Farbtests.

Eine Methode, die bei hoher Sensitivität ein sehr breites Anwendungsspektrum bietet, ist die FT-IR-Spektroskopie.
Mit Hilfe der FT-IR-Spektroskopie lassen sich Biomoleküle, wie z.B. Proteine, Lipide, Kohlenhydrate und DNA/RNA, sehr sensitiv identifizieren und quantifizieren. Werden Mikroorganismen unter standardisierten Bedingungen kultiviert, so erhält man ein charakteristisches Muster dieser Biomoleküle, das eine sichere Identifizierung des Keimes in vielen Fällen bis zur Stammebene ermöglicht.

Die Probenpräparation ist dabei schnell und einfach durchzuführen. Die Mikroorganismen werden von dem Kultivierungsmedium geerntet, in Wasser suspendiert und danach auf spezielle IR-transparente, wieder verwendbare Probenträger aufgebracht. Nach der Trocknung können die Proben gemessen werden. Die Methode bietet eine ausgezeichnete Differenzierungstiefe in vielen Fällen bis zur Stammebene. Außerdem kann sie für weitere Untersuchungen wie beispielsweise die Verfolgung der Bildung von Stoffwechselprodukten eingesetzt werden.

Da keine aufwendigen Spezialmedien oder Chemikalien nötig sind, zeichnet sich die Methode durch niedrige Betriebskosten aus und hilft, das Abfallaufkommen zu reduzieren.

Bruker bietet speziell für mikrobiologische Anwendungen entwickelte Systeme an, wie das für den hohen Probendurchsatz entwickelte Mikrotiterplattenmodul HTS-XT.