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Die Kontrolle des HTS-XT erfolgt über die speziell angepasste OPUS/LAB-Software, die die automatische Aufnahme und Auswertung von Spektren großer Probenstückzahlen erlaubt. Zur quantitativen Bestimmung auch vieler verschiedener Analyten in komplexen Systemen werden moderne multivariate Verfahren wie PLS (Partial Least Squares) eingesetzt. Zur qualitativen Analyse stehen Algorithmen wie Spektrenkorrelation, PCA (Principal Component Analysis) sowie ANN (Artifical Neural Networks) zur Verfügung. Durch die Speicherung der Messparameter und Ergebnisse in einer Log-Datei wird der einfache Transfer der Probendaten in externe Tabellenprogramme oder in Laboratory Information Management Systems (LIMS) ermöglicht.

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