En raison de la grande variété des techniques d'analyse et du grand nombre d'espèces différentes de micro-organismes, de nombreuses méthodes d'analyse sont appliquées en microbiologie. La différenciation des micro-organismes par leurs caractéristiques morphologiques et leur identification à l'aide de tests de coloration biochimique sont des techniques typiquement appliquées.

Ces dernières années, de plus en plus de méthodes de biologie moléculaire ont été utilisées. Outre l'identification du micro-organisme, les applications médicales nécessitent la détermination de sa pathogénicité et de sa résistance aux antibiotiques. En biotechnologie, la surveillance de la production de certains matériaux naturels ou de protéines recombinantes est intéressante.

La spectroscopie FT-IR est une méthode qui combine une haute sensibilité avec un large champ d'applications possibles. La spectroscopie FT-IR permet d'identifier et de quantifier de manière très sensible des biomolécules comme les protéines, les lipides, les glucides et l'ADN/ARN. Lors de la culture de micro-organismes dans des conditions normalisées, on obtient un modèle caractéristique de ces biomolécules, ce qui permet une identification fiable de la souche.

La préparation de l'échantillon est simple et rapide : les micro-organismes sont prélevés dans le milieu de culture, mis en suspension dans l'eau, puis transférés sur une plaque d'échantillon réutilisable et transparente aux IR. La mesure est effectuée après séchage des échantillons. La méthode par IR permet une différenciation en profondeur, souvent jusqu'au niveau de la souche, et peut en outre être utilisée pour des examens complémentaires, par exemple pour contrôler la production de certains métabolites.

Comme aucun milieu ou produit chimique complexe n'est requis, la méthode se caractérise par de faibles coûts d'exploitation et permet de réduire les déchets.

Bruker propose des systèmes dédiés aux applications microbiologiques tels que le module microplaques CHD-XT, conçu pour un débit d'échantillons élevé.