Le système de chromatographie peut se raccorder, plus ou moins directement, au spectromètre RMN. L'échantillon est ainsi transféré “tel quel” dans ce système RMN. C'est-à-dire qu'il arrive sous la concentration et avec le solvant en provenance du système de chromatographie. Cet échantillon peut être transféré durant la séparation chromatographique et les spectres de RMN sont alors acquis dans le mode "sur flux" (en continu tant que la chromatographie est active) ou dans le mode "arrêt-flux" (lorsqu'un pic sélectionné se situe au niveau de la sonde RMN, la chromatographie fait une pause).
Dans le cadre d'une procédure plus sophistiquée, les échantillons sélectionnés sont placés dans des boucles intermédiaires d'échantillons et ne sont transférés à la RMN qu'à la fin de la séparation chromatographique. Lors de cette procédure, la manipulation des échantillons est minimisée. Cela signifie, après l'injection du mélange, que les produits séparés sont transférés à la RMN, sans accès à de l'air ou à de la lumière et sans manipulation manuelle de l'échantillon. En outre, le délai entre la séparation et le début des mesures de la RMN peut être ramené à 10 secondes.
Les systèmes LC-NMR de Bruker offrent la solution idéale en présence de produits sensibles et instables, une analyse entièrement automatisée ou, tout simplement, lorsqu'on cherche à obtenir un moyen commode et pratique entre la séparation LC et l'obtention des résultats de la RMN.