ブルカーMALDI-TOF装置を使用すると、独自のフラッシュ検出器が提供する質量範囲が広いため、治療薬（抗体を含む）のインタクトな質量測定が可能です。
トップダウンシーケンス (TDS) はブルカー質量分析計の分析能力を大幅に拡張し、大きく未消化のタンパク質からでも配列情報への直接アクセスが可能になります。それにより、古典的なトリプシン消化物を使用して検出することがより困難である化学修飾、PTM、突然変異、およびタンパク質アイソフォームを検出したり、位置を特定したりできます。また、TDSは標的とする方法でタンパク質テルミニを特徴付ける機能を提供。そのため、これまでエドマン法による配列解析から予想されていた機能が大幅に拡張されます。
すべてのTDS法に共通しているのは、ペプチド配列中の励起部位においてペプチド結合開裂を直接に生じる断片化技術を利用することです。これにより、比較的簡単に解釈できる通常の配列ラダーが提供されます。
MALDI-TDSは、MALDIソース内のソース分解で生成できる断片化（ISD）を使用して、大きなタンパク質（40 kDa超）からでもN末端およびC末端配列を効率的に読み取ります。MALDI ISDは一価の化学種を生成するため、配列の読み取りが非常に簡単になります。これらを用いて未知のタンパク質を同定し、融合タンパク質または突然変異部位の詳細構造を割り当てることができます。複雑なペグ化治療用タンパク質および抗体（無傷およびサブユニット）は、MALDI-TDSを使用した分析が可能です。伝統的なエドマン法による配列解析機能に付加価値を与え補完するMALDI-TDSは、N末端ブロックタンパク質にも使用でき、C末端に関する情報も提供します。さらに、サンプルの調製、スペクトルの取得、高速で信頼性の高い専用のTDSソフトウェアを使用したスペクトル処理から、注釈付きのISDスペクトルの形で結果を得るまで、メソッド全体にかかる時間はわずか数分です。文書化された分析結果を提供するため、PDF形式のレポートが自動生成されます。
まとめると、MALDI TDSの利点は次のとおりです。
