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MetaboScapeは、ノンターゲットメタボロミクスに新たな評価基準を提供します

メタボロームは、生化学的経路において最後に発現する物質です。 これは、すべての細胞プロセスを経て代謝産物のすべてを指すため、非常に多様な構造クラスを持つことといなります。
代謝産物組成の時間的および空間的変化は、ゲノム、転写活性およびプロテオームレベルでの相互作用の結果(表現型)が反映されます。 したがって、この現象を研究することは、例えば、 疾患、治療法または環境における人体への影響など、多くの事象の根源を解明することにつながります。

ターゲットメタボロミクスの目的は、特定の生理学的状態に特徴的な低分子バイオマーカーを包括的にプロファイリングすることです。このターゲットメタボロミクスにおいて重要なことは、摂動または疾患にともなって変化する化合物を迅速に特定し、同定することです。

BrukerCompass®TASQ™2.0ソフトウェアと併せてご利用いただけば、ターゲット化合物のバリデーションおよびノンターゲットメタボロミクスの両方をサポートできます。 つまりこれらを用いることで、一つのデータセットで生化学的パスウェイにおけるターゲット分析に2倍の研究成果がもたらされます。

特徴抽出のための強力なT-ReX(Time aligned region complete eXtraction)アルゴリズム

MetaboScape 4.0は、BrukerのLC-QTOF-MS / MS、GC-APCI-QTOF、LC-TIMS-MSおよびMRMSシステムからのデータを補完的に処理することができます。

 

  • T-ReX 2D: FIA-MRMS data for ‘MetaboTyping’
  • T-ReX 3D: LC-MS data e.g. from the Phenomics Workhorse
  • T-ReX 4D: LC-TIMS-MS data from timsTOF

既知化合物のスペクトルライブラリー

新しくリリースされたBruker HMDB Metabolite Library 2.0、MetaboBASE Personal Library 2.0またはMetaboBASE Plant Libraryを使用することで、ライブラリー検索に対する信頼性を高めることができます。

ライブラリー詳細

 

データ品質に関する重要な5つの基準は、「Annotation Quality Scoring」アイコンにより自動的に照合され、視覚的に表示されます。

AQScoringWithCCS web

未知の化合物の同定

ノンターゲットメタボロミクスの評価基準おいて検出された成分は、自動で構造組成を表示し、MetFrag in silicoによるフラグメンテーションパターンの診断結果から候補化合物をアノテートします。 この結果は、パスウェイマッピングを介して生物学的状況と照合することができます。

MetaboScape 4.0のその他の新機能:

  • 大量のサンプルバッチ処理(1000回以上の注入)
  • FIA-MRMSアプローチを用いた高スループットフェノミクス(200サンプル/日以上)
  • 4Dフィーチャファインダ(T-ReX 4D)は、timsTOFデータから衝突断面積を抽出します
  • リピドミクスの新しいワークフロー:SimLipid™(PREMIER Biosoftのサードパーティ製ソフトウェア)に測定結果をエクスポートしての解析。
  • 脂質構造の理論CCS値の計算
  • 理論計算プロセスで求められた同位体パターンに基づく組成推定

FIA-MRMS ‘MetaboTyping’

クロマトグラフィーを使用しないMRMSワークフローは、フェノミクス研究における時間のかかるクロマトグラフィーを省略することにより、より高いサンプルスループットを実現します。 LC-MS分析によって容易に検出できない化合物にアクセス可能であり、ターゲットおよびノンターゲットメタボロミクスアプローチをも可能にします。 MetaboScapeのT-ReX 2Dによるデータ抽出は、FIA MRMSデータの自動アノテーションの信頼性を提供します。 新しいscimaX MRMSシステムは、100万以上の質量分解能と0.2 ppm未満の質量精度といった非常に優れたスペックを発揮することができます。 さらに同位体パターンの正確さは、イオンの組成推定に利用することを可能にします。 これは、ノンターゲットメタボロミクスの成分分析において、信頼性の高い新たな解析手段を加えます。

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