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高分解能精密質量LC-MSデータから生物学的洞察 - MetaboScapeワークフロー

BrukerのMetaboScapeを使用すると、Instant Expertise™ルーチンを使用してUHR-QqTOF装置にて取得されたLC-MS / MSデータから、代謝物マーカーを迅速に同定し、生物学的背景に合わせたパスウェイマッピングにセットすることができます。

  • 高度なT-Rex 3Dアルゴリズムを使用してすべての関連情報を抽出して結合する
  • PCA、t-test、ANOVA、PLS、バケット相関分析など、あらゆる統計処理を用いて、複雑なデータセットの関連情報にすばやくフォーカスする
  • 既知の標的化合物を自動的に同定し、未知の化合物にシームレスにアノテーションを付ける
  • 同定された代謝物のパスウェイマッピング作成し、生物学的背景とLC-QTOF-MS / MSから取得されたデータを照合する

 

 

 

仮説と実験設計 - フルスキャン高分解能LC-QTOF-MS / MSデータ取得

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ノンターゲットデータ抽出

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すべての関連情報を抽出し統合 – T-ReX

新しいT-ReX 3D(Time aligned region Complete eXtractionアルゴリズム)は、非常に複雑なLC-MS / MSデータセットからでも、関連するすべての情報を自動的に抽出します。LC-MS実行間のクロマトグラフシフトが発生しても単一化合物に帰属する同位体、電荷状態、付加イオン、フラグメント、 非直線リテンションタイムアライメントなどの成分情報の一貫性を保証します。

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データプロセッシング

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実験デザインに合うように洗練されたバケット作成、フィルタリング、スケーリング、正規化

T-ReX 3Dによる領域完全抽出は、LC-MS / MSデータ取得に続いて実施される統計解析において重要な要素であるため、バケット表に「0」が繰り返されるような見逃しが起きないようなシステムになっています。 さまざまなフィルタリング、正規化、スケーリングのオプションが、大規模なメタボロミクス研究の前提条件であるデータ処理ツールのセットをより良いものにします。

複製解除/既知ID

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既知の化合物の自動同定

メタボロミクスデータの生物学的背景を完全に理解するためには、de-replicationと呼ばれる操作が不可欠です。 PositiveモードおよびNegativeモードで得られた相補的な情報を組み合わせることにより、より深い洞察が得られます。 IDの信頼性は、ユーザー定義可能なしきい値レベルと達成された「アノテーション品質」のグラフ表示に基づいて、保持時間、正確な質量、同位体パターン情報、およびMS / MSスペクトルライブラリスペクトルをマッチングすることによって得られます。

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統計

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複雑なデータセット内の関連情報を素早く識別

あらゆる統計処理を用いると、得られたデータをすぐにデータセット内の関連情報にフォーカスすることができます。「 統計」には、PCA、t-test、ANOVA、PLS、およびバケット相関分析とを統合した専用ビューがあります。

未知ID

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シームレスな化合物アノテーション

自動化された分子式表示により未知化合物のアノテーションを実施し、さらに公開データベース照会および構造候補のインシリコ-フラグメンテーションによる構造決定を行います。

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パスウェイマッピング

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結果を生物学背景と照合

MetaboScapeを用いて代謝物パスウェイマップ上に同定された代謝物をマッピングすれば、実験データを生物学的に関連付けることができます。 これは、検証された研究課題につながるか、あるいは新たな仮説を導くかもしれません。

For Research Use Only. Not for Use in Clinical Diagnostic Procedures.