Die Kenntnis der absoluten Struktur, d.h. das Wissen, welches der beiden Enantiomere vorhanden ist, ist besonders für Arzneimittel von großer Bedeutung. In den meisten Fällen ist es sehr schwierig oder zumindest unmöglich, Einkristalle von Substanzen für die Röntgenstrukturanalyse zu gewinnen, die einzige Methode, um die absolute Struktur direkt abzuleiten. Hier wird die VCD-Spektroskopie als Alternative zur Bestimmung der absoluten Struktur gezeigt. Enantiomere besitzen naturgemäß die gleichen physikalischen Eigenschaften und damit die gleichen Absorptionsspektren, aber ihre VCD-Spektren zeigen entgegengesetzte Vorzeichen, siehe Reinheit von Enantiomeren.

Neben anderen spektroskopischen Eigenschaften ermöglicht die moderne Ab-Initio-Software die Berechnung von VCD-Spektren von Enantiomeren. Der Vergleich von aufgezeichneten und berechneten VCD-Spektren ergibt eine eindeutige Bestimmung der absoluten Struktur für ein vorhandenes Enantiomer. Eine Kombination aus VCD-Messungen und Ab-Initio-Berechnungen von VCD-Spektren ermöglicht es, die absolute Struktur von Enantiomeren zu bestimmen.