谱图数据库

布鲁克代谢组学谱图数据库

通过定制的谱图数据库进行正确的化合物鉴定,从而获得更深入的代谢组学见解

可信的鉴定

布鲁克质谱仪专用数据库

spectral-libraries

亮点

MS/MS 谱图数据库

谱库确保化合物鉴定具有高可信度

高可信度
谱库中化合物的高质量 MS/MS 谱图都是在布鲁克质谱仪上实测的。
鉴定
MS/MS 谱图匹配和精确的母离子信息允许已知化合物的鉴定。
信息获取
了解更多样品中化合物的信息。
全面
布鲁克 MS/MS 谱库包含数十万种化合物的信息。

特点

布鲁克代谢组学谱图数据库

布鲁克 MetaboBASE Personal Library 3.0

谱库中包含了相关的内源性和外源性代谢物,使您能够与实测的 MS/MS 谱图进行匹配,以进行自动去重复。 谱库中的化合物数量是一个非常重要的因素,近年来一直在不断增长,从而能够鉴定越来越多的已知代谢物。

例如,新版的布鲁克 MetaboBASE Personal Library 3.0. 反映了这一点。 它包含:

  • MS/MS 谱图中超过 100,000 个合成或分离得到的标准品,这些标准品来自众所周知的 METLIN( * )数据库,除了内源性和外源性代谢物,还包括二肽和三肽,用于研究生物系统中发生的变化。这些数据都是在 QTOF 类仪器上获得的。其中超过 14,000 个是在布鲁克机器上采集的。
  • 该库中已有超过 233,000 种化合物用计算机模拟生成了 MS/MS 谱图,为更快地初步鉴定尚未作为纯参考标准品的相关目标物铺平了道路。
所有谱图都是在正负模式及不同碰撞能量下采集的,舍弃了质量差的谱图。模拟库用的碰撞能量分别为 10、20  和  40 eV ,其它库用的是 10/25 和  25/50 eV 。
 
补充谱图数据包括大多数物质的 InCHi、SMILES 和 CAS 标识符和同义词。数据库 ID 和到外部数据库( 包括 HMDB、METLIN 和 Pubchem )的超链接,让您快速将识别出的代谢物引入生物学背景。


布鲁克 MetaboBASE  Personal Library 3.0 是由知名学者 Gary Siuzdak 教授和 Paul Benton 博士提供的。

* METLIN™ 是 The Scripps Research Institute 研究所的商标。

注:布鲁克 MetaboBASE Personal Library 3.0 仅支持 MetaboScape 4.0 及以上版本。

布鲁克 HMDB Metabolite Library 2.0

不仅是谱图数量很重要,而且库中包含的数据质量也很重要,这对于可靠地进行识别非常重要。

布鲁克 HMDB Metabolite Library 2.0 中的所有谱图都经过手动检查,去除了干扰的噪声谱图和污染物峰。母离子质量数和同位素峰型都进行了校正,以匹配理论质量值和同位素模式分布。

这个谱库的第二版包含了 Human Metabolome Data Base( HMDB )中 800 多个化合物6000 多张 MS/MS 谱图,并且含有保留时间信息。这些数据都是用纯的标准品,使用5种不同的碰撞能量,在 impact 系列 QTOF 高分辨率质谱上测量采集的。

大约 600 种代谢物的反相液相的保留时间信息可进一步增加鉴定时的正交信息,从而增强对尿液、血液和其他生物流体中发现的代谢物鉴定的可信度。

T-ReX® Elute Metabolomics-Kit:是专用的反向液相色谱柱套件,用于使保留时间与布鲁克 HMDB Metabolite Library  2.0 中的值相匹配。它还包含用于 LC-MS/MS 数据采集的方法和标准操作流程( SOP )。


T-ReX LC-QTOF —— 简化的非靶向代谢组学解决方案。

布鲁克 HMDB Metabolite Library 由布鲁克独家提供,由 Liang  Li 教授和 David Wishart 特教授及其团队在加拿大艾伯塔大学合作生成。

布鲁克 MetaboBASE Plant Library

这些谱图是使用商业化的标准品和模型豆类植物 " Medicago truncatula " 中公认的代谢物创建的。这能够鉴定植物和食品研究中的代谢物。 布鲁克 Sumner MetaboBASE Plant Libraries 另外含有 84 个化合物的 228 个谱图,都是用 MS 和 NMR 确认过的。

最近增加了在布鲁克 timsTOF 质谱仪上为 150 多种化合物采集的碰撞横截面( CCS )值,从而能够匹配从捕集离子淌度分离中获得的正交信息。这允许识别化合物时基于 CCS 值、母离子质量、同位素峰型、保留时间和 MS/MS 谱图。谱图中的谱图都是在负离子模式下使用不同碰撞能量采集的。对于大多数化合物都有分子式、*.mol 格式的结构式、InChI 和 SMILES。

布鲁克 NIST 2020 Mass Spectral Library

布鲁克 NIST 2020 Mass Spectral Library 是美国国家标准与技术研究所( NIST )的产品,由布鲁克发重新整理发布。该库包含完整的 NIST 信息,涵盖了来自马博氟沙星抗生素、石脑油素 E&L、APCI、卢泰林葡萄糖苷黄酮、视网膜酸代谢物、Fuc-GM1( d18:1/16:0 )甘油脂等的化合物。它细分为以下几个谱库:

  • The NIST/EPA/NIH Mass Spectral Library:此版本包含 350,704 张电子轰击源( EI )采集的谱图( 306,643 个化合物,43,774 张重复的谱图 ) – 比 NIST17 多了 39,729 种化合物
  • The gas chromatography Retention Index and Methods Library:这个库增加了 4 万种化合物,包含 139,382 种化合物的 447,289 个保留指数( RI )值。此外,还包括 114,629 种同时具有 RI 和 MS 的化合物。
  • The NIST Tandem Mass Spectral Library of small molecules:这个库包含30,999 种化合物的 185,608 个母离子的 1,320,389 张谱图。
有关详细描述,请参阅 NIST20: nist.gov 上关于 NIST Tandem and Electron Ionization Spectral Libraries 的更新 。
 
使用原始 NIST 搜索软件可以评估和使用该库( MS 解释器和混合搜索 )。小分子高分辨率精确质量( HRAM )MS/MS 库采用布鲁克特定格式进行格式化,支持用软件 MetaboScape® 202及更高版本和 DataAnalysis 5.2 及更高版本打开。它包含在高分辨率精确质量( HRAM )模式下采集的 27,840 种化合物的 MS/MS 谱图。

优势

布鲁克代谢组学谱图数据库

从样本到知识:通过正确的化合物鉴定获得更深入的代谢组学见解

代谢组由非常复杂的小分子构成的混合物,其分布动态范围很广。随着可检测物质的数量持续增加,包括哺乳动物、微生物和植物性内源和外源代谢物等,化合物鉴定对于充分了解代谢数据的生物背景至关重要。

因此,先前描述的对已知靶向代谢物和已知重复的注释变得至关重要,并且必须是自动的和确凿的。

只有在对化合物进行高度可信的鉴定时,才能在生物背景中获得有意义的见解。这种可信度是通过匹配数据库( 包含了相关内源性和外源性代谢物 )中存储的各种评判标准获得的。

从布鲁克 QTOF 类仪器上采集的高质量 LC-MS/MS 谱图,经过与数据库对比得到的信息包括:精确质量数、同位素峰型、MS/MS 谱图、保留时间信息和 CCS 值。 MetaboScape® 软件可以让你用自定义的阈值去匹配这些信息。这个图形化的注释质量符号 “ AQ ”,使 Metaboscape® 软件中每个化合物很容易就评估它们自动注释的可信度。

 

注释质量符号

快速可信的代谢物去重复的集成化解决方案

完全集成的 MetaboScape® 工作流程解决方案中支持几个互补的谱库,用于自动和可靠地鉴定已知化合物。 这些代谢物数据库包括布鲁克 HMDB Metabolite Library, 布鲁克 MetaboBASE Plant Library、布鲁克 NIST Spectral Library 以及其它公共和自建库。

这些谱库存储在您的 PC 上,提供本地搜索功能,以提供高效的表现和高通量,并消除隐私问题。

应用

布鲁克代谢组学谱图数据库

谱库检索

为了鉴定代谢物,需要收集所有可用信息。这包括将纯标准品 MS/MS 谱图与从代谢组学样本获得的谱图进行比较。特定的碎片质量及强度分布对代谢物鉴定很有价值。

使用 MetaboScape® 软件或布鲁克 DataAnalysis 软件( 除非另有说明 ) 查询谱库内容。两者都在本地 PC 上运行,并提供专用搜索功能。此外,这两种软件解决方案都能创建专有化合物的自定义库,并将它们导出为 ASCII 格式。这允许以开源格式与同事共享数据库。

谱库编辑器

使用布鲁克谱库编辑器可以轻松构建自己的 MS/MS 谱库。扩大现有化合物谱图的覆盖范围,或通过采集不同碰撞能量的谱图进一步补充现有信息。在多个碰撞能量下测量的谱图可确保对各种代谢物进行自动和高可信度的鉴定。

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