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在从更大的样品群中,更小量的样品中鉴定出更多的蛋白质

为了满足样品受限和通量的要求而开发

精确的蛋白质相对定量是定量蛋白组学的基础之一。它对于正确理解生物复合体或生物标志物的发现是至关重要的。布鲁克的蛋白组学解决方案完美地将采集速度、选择性、灵敏度和稳定性的结合在一起,使用户能从数量有限和/或短梯度的样品中获得更多的、可靠的蛋白质定量信息。

PASEF-LFQ & 4D-MBR:从两个世界中获得最优的结果

在非靶向蛋白质定量中,典型的挑战是循环时间(决定了色谱峰的分辨率)、离子选择的独特性来决定多肽的量(选择性)和体系的灵敏度(对于低丰度化合物的定量)。基于质谱的方法提供了综合性的定量结果,但是重叠的离子降低了这些实验流程的选择性。基于MS/MS (DIA)的定量方法以牺牲灵敏度为代价,提供了优秀的选择性。

基于TIMS-PASEF-的非标定量(LFQ)方法把两种方法的优点结合在一起。TIMS提供了一个额外的分离维度、提高了选择性,同时TIMS池的预先浓缩效应提供了更高的灵敏度。PASEF的循环时间与纳升UHPLC的洗脱峰相匹配,同时,与传统的DDA方法相比,它的扫描速度(>100 Hz MS/MS)极大地提高了母离子选择的可重现性。
在这个情况下,timsTOF Pro独特的4D-MBR方案能以一种前所未有的灵敏度来解决缺失值的问题。

Label free quantification
对一个三蛋白组混合物的非标定量结果。总的蛋白上样量为150纳克,分离方法为60分钟梯度。Peak X用于后期数据处理;Perseus用于展示。

进入四维组学空间

在某些情况下,在对高度复杂的样品或短梯度的分析中,100 Hz的MS/MS重复采集速度不足以对相同的离子在大批量的分析实验中进行可重现的选择。在这种情况下,可重复性的碰撞截面积(淌度)使得4D-MBR成为可能,其中4D-MBR能够在保证高通量实验的高置信度的同时,最大限度地提高非标定量实验中可鉴定的蛋白质的数目。4D-MBR方法由可以在最新版的PEAKS和MaxQuant上实现。可以阅读我们相应的资料(LC-MS154 application note)。

步入未来:引入diaPASEF

Dia P A S E F
diaPASEF的结果(用Biognosys’s Spectronaut™来处理)
对于三蛋白组的酶切的非标定量实验中蛋白质水平的定量结果。可以对超过8500个蛋白质、覆盖了五个数量级的浓度进行鉴定和定量。

对于数据非依赖采集方法(DIA),diaPASEF平衡了分子质量和淌度的关系,来对肽段最密集的区域进行定量。额外一维度的引入,提高了选择性、灵敏度,并降低了循环时间。diaPASEF推动了4D蛋白组学的界限,更多的详细内容请参阅我们的 (LC-MS157 application note)。

MaxQuant数据处理

广受欢迎的、强大的开源软件MaxQuant对PASEF-LFQ数据进行全面的支持,提供了高级的定量、可视化和产生报告的能力。

全方位的高级软件支持

越来越多的高级蛋白组学数据处理软件可以直接读取timsTOF Pro的原始数据,包括Skyline™、Gene Data™、全套的Protein Metrics suite和Mascot Distiller™。

为高通量的临床研究做好准备

timsTOF Pro独特的、在上千针进样下保持持续的高性能,加上增强的非标定量(LFQ)的能力,使它成为完美的高通量临床研究平台。
鉴于数据处理是蛋白质定量的关键,PASEF-LFQ方案背后有最强大数据处理软件的支持。

E V Osep
Evosep One/timsTOF Pro用于临床蛋白组学:可重复性和在100针连续进样、由6分钟的梯度对50纳克的Hela细胞酶切物进行分离的性能水平。(每天分析200个样品的方法。左侧:100个实验的关系。中间:非标定量结果的示意图。右侧:对不同浓度的样品重复测试。)

PEAKS数据处理

PEAKS工作平台在高性能的、来自于tims淌度数据文件的提取信息的支持下,可以获得高质量的、基于肽段水平的蛋白质鉴定结果、非标定量结果和DeNovo测序结果。多重的、顶尖可视化和输出能力使操作者能够对多个蛋白组学实验进行查阅、分享或精炼结果。

For Research Use Only. Not for Use in Clinical Diagnostic Procedures.