Своим созданием компания Bruker в основном обязана одному человеку. До 1952 г. Гюнтер Лаукиен изучал физику в Тюбингене, после чего перевелся в Институт Экспериментальной Физики в Штуттгарте. Посвятив себя изучению ЯМР, после получения степени доктора он проводил исследования по ЯМР-спектроскопии, и в 1958 г. опубликовал научный доклад по высокочастотному ядерно-магнитному резонансу. В этом докладе были описаны теоретические аспекты того, что было известно на то время, а также в нем давались практические аспекты создания экспериментальных систем. В 1960 г. он был назначен профессором экспериментальной физики в Карлсруэ.

Примерно в то же время лаборатории в США уже создавали первые ЯМР-системы высокого разрешения для применения в аналитической химии. Проф. Лаукиен понял, насколько перспективна эта технология, и то, что есть потребность в импульсном спектрометре, который еще не производился для продажи. Он решил восполнить этот пробел, создав свою собственную компанию.

Основание компании Spectrospin AG дало возможность тесного сотрудничества с компанией Bruker. Заключенные производственные соглашения предусматривали, что Bruker будет специализироваться на магнитах и источниках питания и одновременно завершит свои разработки инструментов высокого разрешения, оставляя для компании Spectrospin AG возможность сосредоточиться на инструментах высокого разрешения и соответственно завершить ЭПР-разработки. Вместе они начали амбициозный конструкторский проект, в результате которого появился первый ЯМР-прибор полностью на транзисторах – HFX 90. Первый образец был поставлен в Берлинский технический университет.

В 1960-ые годы стало очевидно, что для того, чтобы быть основным игроком на рынке аналитических инструментов, нужно активно выходить на международный уровень с возможностью обеспечения сервиса и технической поддержки клиентов и исследователей на местах. 

Первым шагом в этом направлении стало основание офиса в Северной Америке – растущего центра ЯМР-исследований. Несмотря на первоначальное доминирование американских компаний, компания Bruker быстро выросла благодаря своему технологическому превосходству и мировому признанию в кругах, интересующихся ЯМР.

Вскоре во Франции была основана компания Bruker SA, где в Виссенбурге началось производство системных компонентов и блоков. Открытие дополнительных торговых офисов в Европе, включая Англию и Италию, продолжалось в конце 1960-ых и начале 1970-ых.

В 1969 г. во время празднования 25-ой годовщины открытия ЭПР в Казани, Россия, Bruker объявил о дальнейшей экспансии на рынок тогдашнего СССР. Также был основан новый офис в Израиле, который укрепил уже установившиеся связи с Институтом им. Вейцмана.

К 1972 г., экспансия Bruker достигла Австралии, а в 1975 г. Bruker прибыла в Китай, где успешное появление на Швейцарской промышленной выставке в Пекине привело к мгновенной продаже двух систем WH 90 — первых «только фурье» ЯМР спектрометров. За этим вскоре последовало открытие торговых офисов в Южной Корее и Тайване, и в 1976 г. Bruker открыла свой первый офис в Японии. Компания также имела успех в Южной Америке, когда в Венесуэле были установлены первые приборы.

В этот период быстрой мировой экспансии стало очевидным, что дальнейший рост на рынке аналитических инструментов потребует экспансии в сфере дополнительных и новых аналитических технологий.

В 1970-ых Bruker начала разработку новых инфракрасных спектрометров. Представленный в 1974 г. спектрометр IFS 110, стал началом очень успешного модельного ряда, что в итоге привело к основанию подразделения Bruker Optics. Сегодня Bruker Optics предлагает широкий модельный ряд ИК и КР спектрометров, который включает как самый маленький в мире настольный FT-IR спектрометр для обычного использования, так и FT-IR спектрометр с самым высоким в мире разрешением для углубленных исследований.
Уже сформировавшиеся позиции компании Bruker в области ЯМР закономерно привели к разработкам в области магнитно-резонансной томографии (МРТ). В 1976 г. была основана компания Bruker Medizintechnik GmbH, которая изначально предлагала ряд мобильных дефибрилляторов. К концу десятилетия Bruker разработала и начала производить томографические системы на основе ЯМР для клинических и предклинических исследований, что в итоге привело к созданию клинических МРТ аппаратов для обследования всего тела.

Со временем Bruker решила сосредоточиться на системах предклинического обследования и взяла название Bruker BioSpin MRI, под которым и сейчас является лидером на рынке в этой области.

Промышленное производство первых масс-спектрометров началось в 1940-ых гг. В Германии первый масс-спектрометр был создан в 1948 г. д-ром Л. Йенкелем, возглавлявшим компанию Atlas MAT (Mess- und Analysentechnik) в Бремене. В 1977 г. в Бремене была основана компания  “Dr. Franzen Analysentechnik” как дочерняя компания Atlas MAT. Д-р Францен разработал первый настольный хромато-масс-спектрометр на основе квадрупольного фильтра масс. Несколько лет спустя, в 1980 г., Bruker приобрела эту компанию и переименовала ее в “Bruker-Franzen Analytik”, добавив тем самым сильные квадрупольные масс-спектрометры к своему ассотименту продукции. В тот же год первая мобильная система обнаружения MM1 оказалась успешной как на гражданском, так и на военном рынках. В 1997 г. Bruker приобрела подразделение ренгеновской спектроскопии компании Siemens AG, которое включало лучшие производственные мощности в Карлсруэ и Мэдисоне, Висконсин. Производственный рост в сочетании с дополнительными приобретениями компаний быстро сделали  Bruker AXS ведущим поставщиком рентгеновских аналитических инструментов, тем самым значительно расширив ассортимент продукции Bruker.

Следуя требованиям современных рынков, в 2000 г. компания Bruker начала организационную реструктуризацию. Bruker Daltonics group стала первой из компаний Bruker, которая была включена в список фондовой биржи NASDAQ, вскоре за ней последовала Bruker AXS в 2001 г.

В 2003 г. произошло слияние Bruker Daltonics и AXS, чтобы числиться в списке под одним пунктом. В 2006 г. к ним присоединилась Bruker Optics. Слияние всех корпоративных единиц Bruker было завершено в 2008 г. после присоединения Bruker BioSpin – магнитно-резонансного подразделения, с которого все началось.

Совместная деятельность, которая явилась результатом интеграции, быстро дала плоды в разработке, производстве и продажах продукции, что привело к созданию объединенных систем, обеспечивающих уникальные возможности для клиентов.

Объединение под руководством одной контролирующей компании — Bruker Corporation (NASDAQ: BRKR) привела к появлению одного из самых сильных брендов в области производства аналитических инструментов.