Unbenannt 4

4D-MBR和diaPASEF:引领4D蛋白组学新时代

在timsTOF Pro和timsTOF fleX中,引入了离子淌度分离的新一维度,它比单独提高灵敏度、选择性和MS/MS采集速度提供了更多的优势。独特的tims设计,可以重现性地测出所有目标离子的碰撞截面积(CCS)值,这一参数可以进一步提高系统的选择性,使人们可以从复杂样品和短梯度中获得更多的、可靠的相对定量信息。

4D-MBR:解决短梯度非标记定量(LFQ)实验中缺失测量值的问题

DIA是解决缺失测量值问题的、使用最广泛的数据采集策略。然而,需要事先建立图谱库(spectral libraries)– 这一特点使它在应对某些罕见物种时非常耗时 – 并且传统的DIA方法运行速度太慢,以至于无法与短梯度分析实验相匹配。然而,即使MS/MS扫描速度超过了100Hz,一些肽段仍然不能在每一次采集过程中均被选中进行碎片分析,该情况在短梯度实验中尤其严重。
运行间匹配(MBR)方法就是为了解决实验中缺失测量值而提出的。MBR以一个窄的质荷比和保留时间窗口,提取所有待定量的肽段的强度信息。这些过滤条件的组合,由于专一性不够好,导致了测试比例的不精确。4D-MBR引入了额外的CCS值这一过滤条件,用于筛选最初始的质荷比和保留时间,使得专一性大大提高(详见 application note LC-MS 151)。

4d proteomics
对于192个病人和20个QC血浆样品的酶切物的定量结果,使用Evosep One色谱系统进行了11.5分钟的梯度分离。(点击以放大)

diaPASEF : 把DIA分析提高到一个新的水平

DIA与PASEF的结合,弥补了传统DIA的缺陷:通过在tims淌度分离循环中,使用一组特定的质荷比(结合淌度维度上的选择)隔离窗口,在diaPASEF中离子的利用率得到了极大的提高(对于低复杂度样品,离子使用率可达100%;对于高复杂度样品,使用相同的隔离窗口尺寸和质荷比范围,离子使用率仍有5倍的提高)。在保证高选择性的前提下,可以缩短diaPASEF的循环时间以适应短梯度分离。tims离子淌度分离技术产生空间聚焦效应,可以提高灵敏度,并且能够在全四维蛋白组学的帮助下把DIA技术的选择性提高到一个更高的水平。diaPASEF的数据处理现在可以通过OpenSwath 和 MOBI-DIK或Biognosys’s Spectronaut软件来实现。(详情请参阅我们的application notes LC-MS 157 and LC-MS 160).

diaPASEF窗口分布的图例
窗口宽度为6425 m/z,循环时间为1.7秒的diaPASEF方法。这一窗口方法对离子的利用率为6.25%,而同等的3D DIA方法对离子的利用率为1.25%。

For Research Use Only. Not for Use in Clinical Diagnostic Procedures.