SCiLS Lab

MSソフトウェア

SCiLS™ Lab

簡便性

主要なブルカーの装置と他の主要な質量分析メーカーのデータをすべてサポートします。

可視化

2Dおよび3Dの可視化により、製薬、医療、工業研究における多数のアプリケーションを可能にします。

解析

次世代の機械学習アルゴリズムによる高度な処理と解析。

統合

MALDI Molecular Drug Imager、rapifleX MALDI Tissuetyper、およびtimsTOF flexからのSpatialOMxワークフローに不可欠。

SCiLS Lab

MSイメージングデータ解析用ソフトウェア

ブルカーのソフトウェアを使用することで、MALDIイメージングデータの統計解析がこれまでになく簡単になりました。

基本の可視化と処理

イオン画像とスペクトルを瞬時に可視化
数多くの可視化オプション
使いやすい計算ツール

高度な処理と分析

事実上サイズ無制限のデータセットのための高度な機械学習アルゴリズム
識別可能なm/zマーカーを明らかにするための比較分析
相関するm/z値の発見のための共局在化解析
空間セグメンテーションによる顕著な特徴の自動アノテーション
基礎となるトレンドを抽出するための成分分析
臨床試験および前臨床試験における領域の特徴付けのための複数のアノテーション
ラベルフリーサンプルの分類のための分類モデル
MSイメージングデータの絶対定量
組織ベースの SpatialOMx ワークフローをサポートし、組織内の検出された化合物の分布を可視化

利用可能

三次元モデルの構築・可視化・解析

SCiLS Lab は、質量分析イメージングデータから新たな洞察を導き出すためのツールとして業界で選ばれています。科学および産業界で使用されているこのソフトウェアは、分析および可視化の新しい基準を設定し、日々の作業を簡素化して研究成果を向上させます。

システム要件
以下のシステム要件に該当します。

インテル Core i7 プロセッサーまたはインテル Xeon プロセッサー(同等以上)
Microsoft Windows 7 64ビットまたはMicrosoft Windows 10 64ビットオペレーティングシステム
32GB RAM
SATA III ソリッドステートドライブ(SSD)
フルHDディスプレイ（1920×1080）
OpenGL 3.2をサポートするグラフィックスカード

SSD は SCiLS™ Lab のファイルをホストするために必要があります。推奨されるシステムを改善する最善の方法は、RAM の増設と SATA III SSD の RAID0 構成です。その後、インポートや処理するデータは SSD に保存してください。

SCiLS™ Scope

MALDI HiPLEX-IHCのデータを共有・閲覧するための使いやすい新しいプラットフォーム

SCiLS™ Scopeは、MALDI HiPLEX-IHCとMALDIイメージングデータの共有と閲覧のハードルを下げます。使いやすく軽量なインターフェースとオープンなOME-TIFF形式のデータにより、画像の検査に集中したい共同研究者間でのデータ共有に最適です。病理学的背景の中で画像を直感的にレビューすることで、1ピクセルあたりにより多くの洞察を得ることができます。

MALDI HiPLEX-IHC データの視覚化

SCiLS™ Scopeは、個々のチャンネルのオーバーレイ、調整、解析を含む簡単な画像レビューを可能にします。ターゲットとするタンパク質パネルにフォーカスすることで、MALDIイメージングのエントリーポイントを提供します。

SCiLS™ Scopeは、取得したMALDI HiPLEX-IHCターゲット空間プロテオミクスデータを迅速に評価するために不可欠な機能を提供します。抗体から放出された各マスタグはチャンネルとして表現され、個別にまたは組み合わせて可視化することができます。その他の重要な機能は以下の通りです：

・無段階ズーム

・生物学的に関連する構造間の距離測定

・クリップボードへのコピー、またはPNGやTIFFファイルとして保存することで、画像をエクスポートできます。

・全チャンネルの輝度とコントラストをグローバルに調整、またはチャンネルに依存せず信号強度の違いに対応。

MALDI HiPLEX-IHCワークフローとの密接な統合

SCiLS™ Scopeソフトウェアは、MALDI HiPLEX-IHCが提供する標的空間プロテオミクスワークフローを完成させます。データ取得はSCiLS™オートパイロットに基づいており、デフォルトの取得メソッドとオンラインキャリブレーションのためのHiPLEXマスタグを使用し、高いデータ品質を保証します。データのインポート、前処理、およびオープンなOME-TIFFフォーマットへのエクスポートは、SCiLS™ Labによってバックグラウンドで自動的に実行され、解析後すぐに結果が得られます。

システム条件
下記のシステム条件が推奨されます：

• ハードディスク：100GB以上の空き容量。

• メインメモリー：32GB以上のRAM

• オペレーティングシステム Windows 10 64ビット

• グラフィックス AMD Radeon または NVIDIA 上位グラフィック 4 GB VRAM

• グラフィック解像度 1920x1024ピクセル、トゥルーカラー

ソフトウェアのダウンロード

SCiLS Lab

世界をリードする質量分析イメージング分析ソフトウェア

SCiLS™ Lab は、ブルカーの FLEX シリーズや MRMS などを含む主要な質量分析メーカーからのデータに加え、オープンな imzML フォーマットで提供されるデータセットを統合します。

複数のサンプルの比較分析を 2D と 3D の両方で可視化することができ、医薬品開発、組織分解バイオマーカー研究、免疫組織化学を補完するトランスレーショナルな病理学研究など、多くのアプリケーションを可能にします。

SCiLS™ Lab の MSI 定量化ワークフローは、組織から直接標的分子を簡単に定量することを可能にします。SCiLS™ LabはMetaboScape^® のSpatialOMx^®ワークフローと統合し、アノテーションされた検出成分（代謝物、脂質、糖鎖）のMALDI分子組織イメージを可視化します。

timsTOF fleXイオンモビリティデータについて、SCiLS^™ Labはモビリティ画像を表示することができ、CCSを考慮したデータ解釈を可能にします。

SCiLS Lab

タンパク質から低分子までのラベルフリー分子イメージング質量分析

SCiLS™ Lab は、1 つ以上の MALDI イメージングデータセットの解析に使用することができます。複数のデータセットをロードし、タイル状に空間的に整列させることができます。事実上サイズ無制限のデータセットの組成を可視化し、詳細な解釈のために統計的に分析することができます。また、SCiLS™ Lab は、連続した 2D データセットからの 3D MALDI イメージングデータの構築、および 3D MALDI イメージングデータの可視化と解析に使用することができます。

非転移性小脳腫瘍を含む49の矢状マウス脳切片の3D再構成における3つの異なるm/z値の分布。

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SCiLS^™ Labによる統計解析：実測したメタデータに応じてサンプルを自動的にグループ化 - 組織タイピングやバイオマーカー発見のための機械学習手法を用いた分類と予測を行います。

臨床病理学における大規模コホートサンプル
先駆的なバイオマーカー研究では、識別イオンの発見は手動で行うか、カスタムスクリプトを使用して行われていました。バイオマーカー研究では分析すべきサンプル数が膨大なため、手動でのデータ分析は時間がかかり、エラーが発生しやすいです。SCiLS^™ Labでは、病態生理学的変化を識別する特徴的なスペクトルの自動解明を簡単に行うことができるようになりました。SCiLS^™ Labは、ワンクリックですべてのイオンが異なる生物学的状態をどの程度識別しているかを自動的に定量化します。結果として得られた新規バイオマーカー候補のリストは、その後の分析のために簡単にエクスポートすることができます。

SCiLS™ Labのパワフルなデータマイニング機能をご覧ください。

全身イメージング
2006 年に実施された先駆的な研究において、全身 MALDI イメージングは、方法論だけでなく計算の側面にも挑戦しました。全身組織切片内の薬物および代謝物の分布を可視化するために、商用、学術用、およびカスタムのさまざまなソフトウェアを使用して、いくつかの手動データ処理が実行されました。

現在では、何百万ものスペクトルからなるデータセットのすべての処理が、1つのソフトウェアを使用して実行できるようになりました。SCiLS™ Lab は、1つの解析ファイルへの複数のデータセット登録から、スペクトルの前処理、包括的な統計解析まで、データ解析のワークフロー全体を提供します。