データを知識に変える
SCiLS™ソフトウェア - 包括的で使いやすい
MALDIイメージングデータの解析と可視化がかつてないほど簡単になりました。
基本の可視化と処理
高度な処理と分析
ワークフローと拡張性
システム要件
以下のシステム要件に該当します。
SCiLS™ Scopeは、MALDIイメージングとMALDI HiPLEX-IHCデータの共有と閲覧のハードルを下げます。使いやすく軽量なインターフェースとオープンなOME-TIFFフォーマットのデータにより、イオンイメージの解析に集中したい共同研究者間でのデータ共有に最適です。明るさやコントラストを調整したり、個々のチャンネルを重ね合わせたり、生物学的に関連する構造間の距離を測定したりすることで、イオンイメージを直感的にレビューおよび解析できます。
このソフトウェアはSCiLS™オートパイロットワークフローにシームレスにフィットし、データ取得、SCiLS™ラボへのデータインポート、OME-TIFFフォーマットへの定義済みターゲットイオンイメージのエクスポートを自動化します。MALDIイメージングとMALDI HiPLEX-IHCのためのすぐに使えるソリューションです。
SCiLS™ Lab は、ブルカーの FLEX シリーズや MRMS などを含む主要な質量分析メーカーからのデータに加え、オープンな imzML フォーマットで提供されるデータセットを統合します。
複数のサンプルの比較分析を 2D と 3D の両方で可視化することができ、医薬品開発、組織分解バイオマーカー研究、免疫組織化学を補完するトランスレーショナルな病理学研究など、多くのアプリケーションを可能にします。
SCiLS™ Labは、組織から直接標的分子をMALDIイメージングで定量するための直感的なワークフローをサポートします。また、iprm-PASEF®® を使用して生成されたMALDI MS/MSイメージングデータを解釈し、MetaboScape® と統合することで、化合物の分子アノテーションを確実に行うことができます。SCiLS™ Ion Image Mapperは、MALDIイメージングベースの空間マルチオミクスデータを簡単に統合することができます。組織学との統合のために、SCiLS™ Lab は、デジタル病理学で広く使用されている強力なオープンソースソフトウェア QuPath へのインターフェースを提供します。
SCiLS™ Lab は、1 つ以上の MALDI イメージング データセット の解析に使用することができます。複数のデータセットをロードし、タイル状に空間的に整列させることができます。事実上サイズ無制限のデータセットの組成を可視化し、詳細な解釈のために統計的に分析することができます。また、SCiLS™ Lab は、連続した 2D データセットからの 3D MALDI イメージングデータの構築、および 3D MALDI イメージングデータの可視化と解析に使用することができます。
臨床病理学における大規模コホートサンプル
先駆的なバイオマーカー研究では、 識別イオン の発見は手動で行うか、カスタムスクリプトを使用して行われていました。バイオマーカー研究では分析すべきサンプル数が膨大なため、手動でのデータ分析は時間がかかり、エラーが発生しやすいです。SCiLS™ Labでは、病態生理学的変化を識別する特徴的なスペクトルの自動解明を簡単に行うことができるようになりました。
SCiLS™ Labは、ワンクリックですべてのイオンが異なる生物学的状態をどの程度識別しているかを自動的に定量化します。結果として得られた新規バイオマーカー候補のリストは、その後の分析のために簡単にエクスポートすることができます。
SCiLS™ Labのパワフルなデータマイニング機能をご覧ください。
全身イメージング
2006 年に実施された先駆的な研究において、全身 MALDI イメージングは、方法論だけでなく計算の側面にも挑戦しました。全身組織切片内の 薬物および代謝物の分布 を可視化するために、商用、学術用、およびカスタムのさまざまなソフトウェアを使用して、いくつかの手動データ処理が実行されました。
現在では、何百万ものスペクトルからなるデータセットのすべての処理が、1つのソフトウェアを使用して実行できるようになりました。SCiLS™ Lab は、1つの解析ファイルへの複数のデータセット登録から、スペクトルの前処理、包括的な統計解析まで、データ解析のワークフロー全体を提供します。
"SCiLS™ Lab を使用することで、私たちのチームは手動での比較にかかる無限とも言える時間を節約することができました。このユニークな機能は、私たちが待ち望んでいたものでした。"Rita Casadonte, PhD, Proteopath Gmb
研究用にのみ使用できます。臨床診断には使用できません。