SCiLS Lab

MSソフトウェア

SCiLS™ Lab

使いやすい

SCiLS^™ LabとSCiLS^™ Scopeを使用して、質量分析イメージングデータをインタラクティブに探索、処理。

分析と可視化

パワフルなビジュアライゼーションと柔軟なSCiLS™ APIを備えたSCiLS™ Labの高度な処理および計算解析ツールを使用することで、空間マルチオミクスデータをより深く理解できる。

統合ソリューション

SCiLS^™オートパイロットによる自動イメージングセットアップ、MetaboScape^®による分子アノテーション、OME-TIFF画像エクスポートにより、SCiLS™ Scopeでのデータ共有や閲覧が容易。

マルチオミクス対応

SCiLS™ Ion Image Mapperを使用して、空間プロテオミクス、リピドミクス、メタボロミクス、グリコミクスデータを統合し、解析。

SCiLS Lab

MSイメージングデータ解析用ソフトウェア

MALDIイメージングデータの解析と可視化がかつてないほど簡単になりました。

基本の可視化と処理

イオン画像とスペクトルを瞬時に可視化
数多くの可視化オプション
使いやすい計算ツール

高度な処理と分析

事実上サイズ無制限のデータセットのための高度な機械学習アルゴリズム
識別可能なm/zマーカーを明らかにするための比較分析
空間セグメンテーションによる顕著な特徴の自動アノテーション
効率的な領域の特徴付けおよびグループ化のためのメタデータアノテーション
ラベルのないサンプルを分類するための分類モデル
希釈系列に基づく分析物の定量

ワークフローと拡張性

あらゆる種類のターゲット型および非ターゲット型の SpatialOMx^®ワークフローに対応した包括的なツール
デジタル病理からの組織学的アノテーションとの統合
自動レポーティングと高度なワークフロー統合のための広範なアプリケーション・プログラミング・インターフェース（API）
MSの画像データを業界標準のimzMLにエクスポート。
imzMLまたは様々なサードパーティベンダーのイメージングデータフォーマットからMSイメージングデータセットをインポート（オプション）
MetaboScape^® による統合分子アノテーション（オプション）
統合されたiprm-PASEFワークフローによる信頼性の高いイオンイメージの同定
SCiLS™ Ion Image Mapperを用いた空間マルチオミクスデータの探索

SCiLS Lab は、質量分析イメージングデータから新たな洞察を導き出すためのツールとして業界で選ばれています。科学および産業界で使用されているこのソフトウェアは、分析および可視化の新しい基準を設定し、日々の作業を簡素化して研究成果を向上させます。

システム要件
以下のシステム要件に該当します。

インテル Core i7 プロセッサーまたはインテル Xeon プロセッサー(同等以上)
Microsoft Windows 7 64ビットまたはMicrosoft Windows 10 64ビットオペレーティングシステム
32GB RAM
SATA III ソリッドステートドライブ(SSD)
フルHDディスプレイ（1920×1080）
OpenGL 3.2をサポートするグラフィックスカード

SSD は SCiLS™ Lab のファイルをホストするために必要があります。推奨されるシステムを改善する最善の方法は、RAM の増設と SATA III SSD の RAID0 構成です。その後、インポートや処理するデータは SSD に保存してください。

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SCiLS™ Scope

共有と閲覧のための新しく使いやすいプラットフォーム

SCiLS^™ Scopeは、MALDIイメージングとMALDI HiPLEX-IHCデータの共有と閲覧のハードルを下げます。使いやすく軽量なインターフェースとオープンなOME-TIFFフォーマットのデータにより、イオンイメージの解析に集中したい共同研究者間でのデータ共有に最適です。明るさやコントラストを調整したり、個々のチャンネルを重ね合わせたり、生物学的に関連する構造間の距離を測定したりすることで、イオンイメージを直感的にレビューおよび解析できます。

このソフトウェアはSCiLS^™オートパイロットワークフローにシームレスにフィットし、データ取得、SCiLS^™ラボへのデータインポート、OME-TIFFフォーマットへの定義済みターゲットイオンイメージのエクスポートを自動化します。MALDIイメージングとMALDI HiPLEX-IHCのためのすぐに使えるソリューションです。

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SCiLS Lab

世界をリードする質量分析イメージング分析ソフトウェア

SCiLS™ Lab は、ブルカーの FLEX シリーズや MRMS などを含む主要な質量分析メーカーからのデータに加え、オープンな imzML フォーマットで提供されるデータセットを統合します。

複数のサンプルの比較分析を 2D と 3D の両方で可視化することができ、医薬品開発、組織分解バイオマーカー研究、免疫組織化学を補完するトランスレーショナルな病理学研究など、多くのアプリケーションを可能にします。

SCiLS^™ Labは、組織から直接標的分子をMALDIイメージングで定量するための直感的なワークフローをサポートします。また、iprm-PASEF®® を使用して生成されたMALDI MS/MSイメージングデータを解釈し、MetaboScape^® と統合することで、化合物の分子アノテーションを確実に行うことができます。SCiLS^™ Ion Image Mapperは、MALDIイメージングベースの空間マルチオミクスデータを簡単に統合することができます。組織学との統合のために、SCiLS^™ Lab は、デジタル病理学で広く使用されている強力なオープンソースソフトウェア QuPath へのインターフェースを提供します。

SCiLS Lab

タンパク質から低分子までのラベルフリー分子イメージング質量分析

SCiLS™ Lab は、1 つ以上の MALDI イメージングデータセットの解析に使用することができます。複数のデータセットをロードし、タイル状に空間的に整列させることができます。事実上サイズ無制限のデータセットの組成を可視化し、詳細な解釈のために統計的に分析することができます。また、SCiLS™ Lab は、連続した 2D データセットからの 3D MALDI イメージングデータの構築、および 3D MALDI イメージングデータの可視化と解析に使用することができます。

非転移性小脳腫瘍を含む49の矢状マウス脳切片の3D再構成における3つの異なるm/z値の分布。

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SCiLS^™ Labによる統計解析：実測したメタデータに応じてサンプルを自動的にグループ化 - 組織タイピングやバイオマーカー発見のための機械学習手法を用いた分類と予測を行います。

臨床病理学における大規模コホートサンプル
先駆的なバイオマーカー研究では、識別イオンの発見は手動で行うか、カスタムスクリプトを使用して行われていました。バイオマーカー研究では分析すべきサンプル数が膨大なため、手動でのデータ分析は時間がかかり、エラーが発生しやすいです。SCiLS^™ Labでは、病態生理学的変化を識別する特徴的なスペクトルの自動解明を簡単に行うことができるようになりました。

SCiLS^™ Labは、ワンクリックですべてのイオンが異なる生物学的状態をどの程度識別しているかを自動的に定量化します。結果として得られた新規バイオマーカー候補のリストは、その後の分析のために簡単にエクスポートすることができます。

SCiLS™ Labのパワフルなデータマイニング機能をご覧ください。

全身イメージング
2006 年に実施された先駆的な研究において、全身 MALDI イメージングは、方法論だけでなく計算の側面にも挑戦しました。全身組織切片内の薬物および代謝物の分布を可視化するために、商用、学術用、およびカスタムのさまざまなソフトウェアを使用して、いくつかの手動データ処理が実行されました。

現在では、何百万ものスペクトルからなるデータセットのすべての処理が、1つのソフトウェアを使用して実行できるようになりました。SCiLS™ Lab は、1つの解析ファイルへの複数のデータセット登録から、スペクトルの前処理、包括的な統計解析まで、データ解析のワークフロー全体を提供します。