SCiLS™ 软件解决方案

布鲁克的软件对 MALDI 成像数据的统计分析从未如此简单。


空间可视化并生成分析报告

• 探索每一张谱图的每一个分子特征
• 直接研究分子图像，并与病理学知识相结合
• 快速生成统计学图表及分析报告
• 构建 3D 质谱成像模型 ( 升级选配功能 )

先进的数据处理和分析

• 对样本数据无限制的先进机器学习算法
• 差异性比较分析用于发现潜在的生物标志物
• 无监督的空间分割及主成分分析功能用于非靶向的聚类及数据挖掘
• 对区域进行多重信息注释以对接临床科研
• 用于非标记样本的分类和模型建立
• 梯度稀释法用于目标分子的质谱成像绝对定量分析

工作流程及可拓展性

• 集成了多种统计分析工具，适配于不同的靶向及非靶向空间定位组学工作流程 ( SpatialOMx^® )
• 与病理组织学的标注结果无缝衔接
• 编程语言接口用于进一步功能拓展，如自动生成报告及多平台数据整合等
• 质谱成像的数据可以导出成通用的 imzML 格式
• 可以导入 imzML 格式、或其他品牌仪器的质谱成像数据进行后续的统计分析（升级选配功能）
• （可选）可通过 MetaboScape^® 软件实现自动化的分子注释
• 集成了 iprm-PASEF 工作流程以提高离子图像鉴定的置信度
• SCiLS™ Ion Image Mapper 软件用于空间多组学数据的进一步挖掘和探索

系统要求 

数据系统硬件要求：

• 英特尔酷睿 i7 处理器或英特尔 Xeon 处理器 ( 相同或更高 ) ，至少为四核处理器
• 微软 Windows 10 64 位操作系统
• 64 GB 内存 ( 对于大量样本或大体积数据，推荐使用 128 GB 内存 )
• 1 TB 的硬盘空间，推荐使用 SSD 固态硬盘，更多信息见下方
• 全高清显示屏 ( 1920 x 1080 ）
• 支持 OpenGL 3.2 的显卡，GPU 容量至少 4 GB

为了实现最优性能，推荐使用 SSD 固态硬盘来存放 SCiLS™ Lab 文件。

SCiLS™ Scope 降低了查看及共享 MALDI 成像数据和 MALDI HiPLEX-IHC 数据的门槛。它具有易于使用的轻量级界面，并且数据采用开放式的OME-TIFF格式，非常适合于希望专注于分析离子图像的合作者之间共享数据。通过调整离子图像的亮度和对比度、叠加单个通道以及测量生物相关结构之间的距离，可以直观地查看和分析离子图像。

该软件无缝集成于 SCiLS™ autopilot 工作流程中，能够实现数据的自动采集、数据向 SCiLS™ Lab 的自动导入，及预设目标离子图像向 OME-TIFF 格式的自动导出。这是针对 MALDI 成像和 MALDI HiPLEX-IHC 分析的即用型解决方案。

SCiLS™ Lab 可处理所有主要质谱仪的数据，包括布鲁克的 FLEX 系列和 MRMS 系列，以及 imzML 开放格式数据。对于 timsTOF fleX 产生的淌度成像数据，SCiLS™ Lab 展示质量-离子淌度热的二维热图，并实现 CCS 数据的深度解析。

多个样品的比较分析可以通过二维和三维空间中的可视化来实现，应用于 多个领域，例如药物研发、组织的特征性标志物的发现、补充免疫组化的临床病理学等方面的研究。

SCiLS™ Lab 支持对组织中目标分子进行原位定量分析的 MALDI 成像工作流程。它可以解析 iprm-PASEF^® 生成的 MALDI MS/MS 成像数据，并与 MetaboScape^® 集成，以实现对目标化合物的高置信度的分子注释。SCiLS™ 离子图像映射器便于整合基于 MALDI 成像的空间多组学数据。为了与组织学整合，SCiLS™ Lab 提供了可连接到 QuPath 开源软件（在数字病理学中使用广泛）的接口。

大队列临床病理学样本
在生物标志物发现中 ，寻找区分离子往往通过手动或自己编写软件完成。 由于生物标志物研究中要分析的样本数量和数据量巨大，手动数据分析既耗时又容易出错。使用SCiLS™ Lab 可以轻松解析谱图，区分病理生理变化。

现在只需单击一下，SCiLS™ Lab 即可自动评判所有离子对不同生物状态的区分能力。可能的特征生物标志物被列表输出用于后续分析。

使用 SCiLS™ Lab，只需单击一下可以发现强大的数据挖掘功能。

整体成像
2006 年开创性的全身 MALDI 成像，对方法学和数据计算是一个挑战。为了可视化药物和代谢物在整体的组织分布，使用各种商业、学术和实验室自开发软件完成了数据的分布处理。

现在一个软件可以对由数百万个谱图组成的数据集进行所有处理。从多个数据集注册到一个分析文件，到谱图的预处理，再到综合统计分析，SCiLS™ Lab 提供了数据分析的完整工作流程。