将数据转化为知识
一个软件中完成数据分析和可视化
布鲁克的软件对 MALDI 成像数据的统计分析从未如此简单。
空间可视化并生成分析报告
先进的数据处理和分析
工作流程及可拓展性
系统要求
数据系统硬件要求:
为了实现最优性能,推荐使用 SSD 固态硬盘来存放 SCiLS™ Lab 文件。
SCiLS™ Scope 降低了查看及共享 MALDI 成像数据和 MALDI HiPLEX-IHC 数据的门槛。它具有易于使用的轻量级界面,并且数据采用开放式的OME-TIFF格式,非常适合于希望专注于分析离子图像的合作者之间共享数据。通过调整离子图像的亮度和对比度、叠加单个通道以及测量生物相关结构之间的距离,可以直观地查看和分析离子图像。
该软件无缝集成于 SCiLS™ autopilot 工作流程中,能够实现数据的自动采集、数据向 SCiLS™ Lab 的自动导入,及预设目标离子图像向 OME-TIFF 格式的自动导出。这是针对 MALDI 成像和 MALDI HiPLEX-IHC 分析的即用型解决方案。
SCiLS™ Lab 可处理所有主要质谱仪的数据,包括布鲁克的 FLEX 系列和 MRMS 系列,以及 imzML 开放格式数据。对于 timsTOF fleX 产生的淌度成像数据,SCiLS™ Lab 展示质量-离子淌度热的二维热图,并实现 CCS 数据的深度解析。
多个样品的比较分析可以通过二维和三维空间中的可视化来实现,应用于 多个领域,例如药物研发、组织的特征性标志物的发现、补充免疫组化的临床病理学等方面的研究。
SCiLS™ Lab 支持对组织中目标分子进行原位定量分析的 MALDI 成像工作流程。它可以解析 iprm-PASEF® 生成的 MALDI MS/MS 成像数据,并与 MetaboScape® 集成,以实现对目标化合物的高置信度的分子注释。SCiLS™ 离子图像映射器便于整合基于 MALDI 成像的空间多组学数据。为了与组织学整合,SCiLS™ Lab 提供了可连接到 QuPath 开源软件(在数字病理学中使用广泛)的接口。
SCiLS™ Lab 可用于分析一个或多个 MALDI 成像数据集,以平铺方式显示多个数据集并在空间上对齐。可视化和详细的统计分析不受数据集多少的限制。此外,SCiLS™ Lab 还可用于连续 2D 数据集 MALDI 成像后的 3D 图像重建,以及 3D 成像数据的可视化和分析。
大队列临床病理学样本
在生物标志物发现中 ,寻找区分离子往往通过手动或自己编写软件完成。 由于生物标志物研究中要分析的样本数量和数据量巨大,手动数据分析既耗时又容易出错。使用SCiLS™ Lab 可以轻松解析谱图,区分病理生理变化。
现在只需单击一下,SCiLS™ Lab 即可自动评判所有离子对不同生物状态的区分能力。可能的特征生物标志物被列表输出用于后续分析。
使用 SCiLS™ Lab,只需单击一下可以发现强大的数据挖掘功能。
整体成像
2006 年开创性的全身 MALDI 成像,对方法学和数据计算是一个挑战。为了可视化药物和代谢物在整体的组织分布,使用各种商业、学术和实验室自开发软件完成了数据的分布处理。
现在一个软件可以对由数百万个谱图组成的数据集进行所有处理。从多个数据集注册到一个分析文件,到谱图的预处理,再到综合统计分析,SCiLS™ Lab 提供了数据分析的完整工作流程。
“ 借助 SCiLS Lab,我们的团队节省了无数小时的手动比较时间。我们热切期待这一独特的功能。”
Rita Casadonte 博士,Proteopath 有限责任公司
*仅供研究使用,不能用于临床诊断程序。