质谱软件

SCiLS™ 软件解决方案

全球领先的质谱成像数据分析软件,可用于主要的质谱仪制造商,包括布鲁克 FLEX 系列和 MRMS 系列质谱仪

将数据转化为知识

一个软件中完成数据分析和可视化

MS 软件

SCiLS™ 软件

易于使用
SCiLS™ Lab 及 SCiLS™ Scope 软件可用于处理及挖掘您的质谱成像数据。
数据分析 & 可视化
SCiLS™ Lab 先进的统计分析功能、强大的可视化分析能力及灵活的 SCiLS™ API 拓展接口,助力深度的空间多组学信息挖掘。
整合的解决方案
通过 SCiLS™ autopilot 可实现自动化的成像序列建立,通过 MetaboScape® 可实现分子信息标注,SCiLS™ Scope 采用开放式的 OME-TIFF 图像文件,便于学术共享与交流。
触手可及的多组学解决方案
通过 SCiLS™ Ion Image Mapper 可实现空间代谢组学、空间脂质组学、空间蛋白组学及空间糖组学的数据整合与分析。
SCiLS Lab

质谱成像的数据处理软件

布鲁克的软件对 MALDI 成像数据的统计分析从未如此简单。


空间可视化并生成分析报告

  • 探索每一张谱图的每一个分子特征
  • 直接研究分子图像,并与病理学知识相结合
  • 快速生成统计学图表及分析报告
  • 构建 3D 质谱成像模型 ( 升级选配功能 )



先进的数据处理和分析

  • 对样本数据无限制的先进机器学习算法
  • 差异性比较分析用于发现潜在的生物标志物
  • 无监督的空间分割及主成分分析功能用于非靶向的聚类及数据挖掘
  • 对区域进行多重信息注释以对接临床科研
  • 用于非标记样本的分类和模型建立
  • 梯度稀释法用于目标分子的质谱成像绝对定量分析

 

工作流程及可拓展性

  • 集成了多种统计分析工具,适配于不同的靶向及非靶向空间定位组学工作流程 ( SpatialOMx® )
  • 与病理组织学的标注结果无缝衔接
  • 编程语言接口用于进一步功能拓展,如自动生成报告及多平台数据整合等
  • 质谱成像的数据可以导出成通用的 imzML 格式
  • 可以导入 imzML 格式、或其他品牌仪器的质谱成像数据进行后续的统计分析(升级选配功能)
  • (可选)可通过 MetaboScape® 软件实现自动化的分子注释
  • 集成了 iprm-PASEF 工作流程以提高离子图像鉴定的置信度
  • SCiLS™ Ion Image Mapper 软件用于空间多组学数据的进一步挖掘和探索
SCiLS™ Lab 是业界从质谱成像数据中获取新发现的理想工具。该软件在分析和可视化方面树立了新的标准,简化了日常工作,促进了研究的产出。


系统要求 

数据系统硬件要求:

  • 英特尔酷睿 i7 处理器或英特尔 Xeon 处理器 ( 相同或更高 ) ,至少为四核处理器
  • 微软 Windows 10 64 位操作系统
  • 64 GB 内存 ( 对于大量样本或大体积数据,推荐使用 128 GB 内存 )
  • 1 TB 的硬盘空间,推荐使用 SSD 固态硬盘,更多信息见下方
  • 全高清显示屏 ( 1920 x 1080 )
  • 支持 OpenGL 3.2 的显卡,GPU 容量至少 4 GB

为了实现最优性能,推荐使用 SSD 固态硬盘来存放 SCiLS™ Lab 文件。

SCiLS™ Scope

全新易用的数据可视化及共享软件平台

SCiLS™ Scope 降低了查看及共享 MALDI 成像数据和 MALDI HiPLEX-IHC 数据的门槛。它具有易于使用的轻量级界面,并且数据采用开放式的OME-TIFF格式,非常适合于希望专注于分析离子图像的合作者之间共享数据。通过调整离子图像的亮度和对比度、叠加单个通道以及测量生物相关结构之间的距离,可以直观地查看和分析离子图像。

该软件无缝集成于 SCiLS™ autopilot 工作流程中,能够实现数据的自动采集、数据向 SCiLS™ Lab 的自动导入,及预设目标离子图像向 OME-TIFF 格式的自动导出。这是针对 MALDI 成像和 MALDI HiPLEX-IHC 分析的即用型解决方案。

SCiLS™ Lab

世界领先的质谱成像数据软件

SCiLS™ Lab 可处理所有主要质谱仪的数据,包括布鲁克的 FLEX 系列和 MRMS 系列,以及 imzML 开放格式数据。对于 timsTOF fleX 产生的淌度成像数据,SCiLS™ Lab 展示质量-离子淌度热的二维热图,并实现 CCS 数据的深度解析。


多个样品的比较分析可以通过二维和三维空间中的可视化来实现,应用于 多个领域,例如药物研发组织的特征性标志物的发现、补充免疫组化的临床病理学等方面的研究。



SCiLS™ Lab 支持对组织中目标分子进行原位定量分析的 MALDI 成像工作流程。它可以解析 iprm-PASEF® 生成的 MALDI MS/MS 成像数据,并与 MetaboScape® 集成,以实现对目标化合物的高置信度的分子注释。SCiLS™ 离子图像映射器便于整合基于 MALDI 成像的空间多组学数据。为了与组织学整合,SCiLS™ Lab 提供了可连接到 QuPath 开源软件(在数字病理学中使用广泛)的接口。

SCiLS Lab

无标记分子成像质谱覆盖蛋白质到小分子

SCiLS™ Lab 可用于分析一个或多个 MALDI 成像数据集,以平铺方式显示多个数据集并在空间上对齐。可视化和详细的统计分析不受数据集多少的限制。此外,SCiLS™ Lab 还可用于连续 2D 数据集 MALDI 成像后的 3D 图像重建,以及 3D 成像数据的可视化和分析。

SCiLS™ Lab 对非转移小脑肿瘤的三个特征分子成像,所示图像为 49 个小鼠矢状脑组织切片的 3D 重建图。
视频简介:深入了解 MALDI 成像
SCiLS™ Lab 统计分析根据实验提供的元数据自动对样本进行分组 - 使用机器学习方法对组织分型或生物标志物发现进行分类和预测。


大队列临床病理学样本
在生物标志物发现中 ,寻找区分离子往往通过手动或自己编写软件完成。 由于生物标志物研究中要分析的样本数量和数据量巨大,手动数据分析既耗时又容易出错。使用SCiLS™ Lab 可以轻松解析谱图,区分病理生理变化。

现在只需单击一下,SCiLS™ Lab 即可自动评判所有离子对不同生物状态的区分能力。可能的特征生物标志物被列表输出用于后续分析。

使用 SCiLS™ Lab,只需单击一下可以发现强大的数据挖掘功能。

整体成像
2006 年开创性的全身 MALDI 成像,对方法学和数据计算是一个挑战。为了可视化药物和代谢物在整体的组织分布,使用各种商业、学术和实验室自开发软件完成了数据的分布处理。

现在一个软件可以对由数百万个谱图组成的数据集进行所有处理。从多个数据集注册到一个分析文件,到谱图的预处理,再到综合统计分析,SCiLS™ Lab 提供了数据分析的完整工作流程。

药物发现和 DMPK/PD 的免标记目标成像和分布绘制:低分析成本和高特异性 - 区分药物和代谢物分布以及目标化合物定量,并与组织学结合。

“ 借助 SCiLS Lab,我们的团队节省了无数小时的手动比较时间。我们热切期待这一独特的功能。”

Rita Casadonte 博士,Proteopath 有限责任公司