更强性能的高通量 4D-蛋白质组学

timsTOF HT

timsTOF HT 采用全新的第四代 TIMS-XR 和更先进的数字转换技术,能够在细胞和组织的定量蛋白质组学分析中,实现更宽的动态范围和更高的蛋白覆盖深度。

高通量 4D-蛋白质组学

动态范围广,定量准确性高

亮点

timsTOF HT

扩展高通量 4D-蛋白质组学的功能

速度
timsTOF HT 使用的 PASEF® 技术能够实现在不影响分辨率和灵敏度的情况下达到超过 150 Hz 的扫描速度。
耐用性
独特的仪器设计使得其可以连续分析数千个样品,仪器保持稳定的性能而无需清洁。
灵敏度
第四代 TIMS-XR 的超大离子容量极大提升了分析深度。
选择性
在四极杆和飞行管之前提供额外一维淌度分离,大大提升了峰容量。

特点

timsTOF HT

捕集型离子淌度分离,支持 CCS 值分析

全新的 timsTOF HT 质谱仪整合了第四代超高离子容量的 TIMS-XR 分析器和更先进的数字转换技术。新的设计为无与伦比的蛋白质组学分析深度和高通量定量分析提供了更宽的动态范围。timsTOF HT 提供全面的 CCS 值辅助分析,并支持所有基于平行累积连续碎裂技术( PASEF® )的数据采集模式,PASEF®、dia-PASEF® 和 prm-PASEF® 使得 4D-蛋白质组学分析拥有更高的灵活性,轻松实现蛋白质组的全覆盖。

优势

PaSER

PaSER 是一款 “ 运行即完成 ”( run and done )的实时数据库搜索平台,能够最大限度的提升鉴定深度和分析通量。内嵌 TIMScore™TIMS DIA-NN 模块使得其能充分利用 CCS 值辅助分析,使得蛋白质鉴定更可靠。

应用

dia-PASEF® 实现更快速的组织样本蛋白质组学分析

针对心脏组织样本的快速蛋白质组学分析示例。通过 dia-PASEF® 和 30 分钟短梯度色谱分离,对不同样本量的小鼠心脏组织蛋白酶解液进行三次重复分析。在进样量为 800ng 时,能鉴定到 4700 个蛋白,蛋白相对丰度跨越 5 个数量级。原始数据使用 DIA-NN 的非建库模式进行数据检索,蛋白拷贝数通过 ‘proteomics ruler’ 方法进行估算。

“ 组织分析是临床蛋白质组学至关重要的部分,然而由于组织切片和活检样本包含及其广泛的异质细胞群体,使其分析和研究极具挑战性。timsTOF HT 质谱仪采用的 dia-PASEF® 数据采集模式在不牺牲通量和灵敏度的前提下,对心脏组织这类众所周知的高难度样本进行定量蛋白质组学分析时,依然能够达到非常宽的动态范围。”

Prof. Dr. Florian Meier, Independent Research Group Functional Proteomics, Jena University Hospital, Jena, Germany

dia-PASEF® 和 TIMS DIA-NN、PaSER 的强大组合使细胞系蛋白质组获得前所未有的深度覆盖

加大蛋白酶解液的进样量能够提高鉴定量,获得更高的蛋白覆盖深度。如图为使用 Aurora-25 cm 色谱柱,在 250nL/min 的流速下,通过 60 分钟色谱梯度洗脱,结合 timsTOF HT 质谱仪的 dia-PASEF®( 100 毫秒淌度分离 )数据采集模式对人类细胞系 K562 的胰酶消化液进行质谱分析结果。采集后的数据通过 TIMS DIA-NN 搜库分析,数据库为 uniprot 人源已注释蛋白。

靶向血浆蛋白质组学:30 分钟梯度定量超过 550 个蛋白

timsTOF HT 的 dia-PASEF® 采集方式与 Biognosys 公司的 PQ500 稳定同位素标肽技术结合,对血浆蛋白质组进行靶向分析。在 30 分钟色谱梯度下,可以实现对 578 个蛋白( 对应 804 条多肽 )的准确定量,数据完整性超过 99%。该方法通过一个简单快捷的采集设置将传统 SMS/MRM 技术的选择性和灵敏度结合起来,并能够根据经验后续再进行新靶标的选择。

适用于更高进样量的纳升流速液相色谱柱

A)全新的 TIMS-XR 分析器拥有更高的离子容量可支持高于 200ng 的上样量。可稳定重现鉴定 ~ 6900 个蛋白质,超过 86000 条特异性肽段。

B)不同进样量的 K562 酶解液采用 dda-PASEF 模式采集,使用 PaSER 实时搜索引擎和 TIMScore™ 算法得到的鉴定结果。误差值为五次重复的标准偏差。

PepSep 25cm 系列色谱柱( 内径 150 um,粒径 1.5 um ),对于上样量达到 1600ng 的 K562 酶解肽段进行分析时,依然能够保持平均峰宽小于 5 秒。41 分钟的色谱梯度足够支持有效的肽段分离,即便是更高的上样量,也能够获得同源性多肽的分离。

用户反馈

“ 我们与布鲁克持续合作,致力于优化 DIA-NN,使其在处理有淌度值辅助的 dia-PASEF® 数据时能更快捷简便,这是一件非常有意义的事。它将极短梯度下洗脱的数千蛋白的鉴定与定量过程简化并提速。我们感到很欣慰,通过与布鲁克的密切合作,整合后的 DIA-NN,命名为 TIMS DIA-NN,已成为 PaSER 软件平台的一部分。”

Prof. Dr. Markus Ralser, Director of the Institute of Biochemistry, Group Leader Biochemistry and Systembiology of Metabolism, Charité, Berlin

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