timsTOF HT

新型質量分析計timsTOF HTは、第4世代の大容量分析計TIMS-XRと先進のデジタイザー技術（ADT）を搭載しています。ハイスループットプロテオミクス実験において、比類のない分析の深さと定量のための広いダイナミックレンジを提供します。timsTOF HTはCCSに完全対応しており、PASEF^®、dia-PASEF^®、prm-PASEF^®を含むすべてのPASEF^®取得モードに対応し、4D-Proteomics^™の柔軟性を実現しています。プロテオミクスの深さに妥協することなく、スケールアップを実現します。

"Run & Done" database search プラットフォームであるBruker ProteoScapeの新機能により、同定の深さとスループットを最大化します。TIMScore^™とTIMS DIA-NNは、CCSを最大限に活用し、より正確なタンパク質同定を即座に行うことができます。

迅速な心臓組織プロテオミクス。 短い液体クロマトグラジエントとdia-PASEF^®を用いて、異なる量のマウス心臓プロテオーム消化物を3回に分けて分析しました。最大サンプル量において、5桁以上の相対量にまたがる4700のタンパク質群を同定しました。生データはDIA-NNによりライブラリーフリーモードで処理され、タンパク質のコピー数は「プロテオミックスルーラー」アプローチで推定されました。

プロテオーム深度をさらに高めるには、タンパク質消化物の量を増やすと同定率が向上します。ヒト細胞株 K562 (Promega) のトリプシン消化物を、nanoElute システムを用いて、Aurora カラム (25cm, 75 μm ID, IonOpticks) で 250 nL/min、60 分の分離時間で分析しました。データはUniProtの予測ライブラリを用いてTIMS DIA-NNで処理しました。

timsTOF HTの30分グラジエントを使用した dia-PASEF^®ベースのアプローチとPQ500 (Biognosys) Stable Isotopic Standard (SIS)の使用を組み合わせました。578個のタンパク質（804個のペプチドに対応）を、99%以上のデータ完全性で正確に定量することができました。このアプローチは、従来の SMS/MRM 法の選択性と感度を、使いやすい取得セットアップと組み合わせたもので、事後的に新しいターゲットを定義することも可能です。

A) TIMS-XRは、200 ngを超えるサンプルロードに対して、イオンキャパシティを増加させることが可能です。6900のタンパク質グループと86000以上のユニークなペプチドを再現性よく同定できます。

B) 1600 ngまでのK562トリプシン消化物のdda-PASEF取得データに対するTIMScore^™ 搭載Bruker ProteoScapeリアルタイム検索エンジンによる同定数。エラーバーは5反復の標準偏差を示し、ヒストグラムの上に平均値が表示されています。

PepSep Twenty-five シリーズカラム (内径 150 μm、粒子径 1.5 μm) を用いて、K562 トリプシン消化物 (Promega) のサンプルロード 1600 ng まで、平均ピーク幅 5 秒未満を達成しました。グラジエント時間41分は、効率的なペプチド分離に十分であり、高いペプチド負荷量でもグラジエント全体で均一なペプチドの溶出が確認されました。