SCiLS™ Lab

MALDIイメージングデータの解析と可視化がかつてないほど簡単になりました。

基本の可視化と処理

• イオン画像とスペクトルを瞬時に可視化
• 数多くの可視化オプション
• 使いやすい計算ツール

高度な処理と分析

• 事実上サイズ無制限のデータセットのための高度な機械学習アルゴリズム
• 識別可能なm/zマーカーを明らかにするための比較分析
• 空間セグメンテーションによる顕著な特徴の自動アノテーション
• 効率的な領域の特徴付けおよびグループ化のためのメタデータアノテーション
• ラベルのないサンプルを分類するための分類モデル
• 希釈系列に基づく分析物の定量

ワークフローと拡張性

• あらゆる種類のターゲット型および非ターゲット型の SpatialOMx^® ワークフローに対応した包括的なツール
• デジタル病理からの組織学的アノテーションとの統合
• 自動レポーティングと高度なワークフロー統合のための広範なアプリケーション・プログラミング・インターフェース（API）
• MSの画像データを業界標準のimzMLにエクスポート。
• imzMLまたは様々なサードパーティベンダーのイメージングデータフォーマットからMSイメージングデータセットをインポート（オプション）
• MetaboScape^® による統合分子アノテーション（オプション）
• 統合されたiprm-PASEFワークフローによる信頼性の高いイオンイメージの同定
• SCiLS™ Ion Image Mapperを用いた空間マルチオミクスデータの探索
  

システム要件
以下のシステム要件に該当します。

• インテル Core i7 プロセッサーまたはインテル Xeon プロセッサー(同等以上)
• Microsoft Windows 7 64ビットまたはMicrosoft Windows 10 64ビットオペレーティングシステム
• 32GB RAM
• SATA III ソリッドステートドライブ(SSD)
• フルHDディスプレイ（1920×1080）
• OpenGL 3.2をサポートするグラフィックスカード

SCiLS^™ Scopeは、MALDIイメージングとMALDI HiPLEX-IHCデータの共有と閲覧のハードルを下げます。使いやすく軽量なインターフェースとオープンなOME-TIFFフォーマットのデータにより、イオンイメージの解析に集中したい共同研究者間でのデータ共有に最適です。明るさやコントラストを調整したり、個々のチャンネルを重ね合わせたり、生物学的に関連する構造間の距離を測定したりすることで、イオンイメージを直感的にレビューおよび解析できます。

このソフトウェアはSCiLS^™オートパイロットワークフローにシームレスにフィットし、データ取得、SCiLS^™ラボへのデータインポート、OME-TIFFフォーマットへの定義済みターゲットイオンイメージのエクスポートを自動化します。MALDIイメージングとMALDI HiPLEX-IHCのためのすぐに使えるソリューションです。

SCiLS™ Lab は、ブルカーの FLEX シリーズや MRMS などを含む主要な質量分析メーカーからのデータに加え、オープンな imzML フォーマットで提供されるデータセットを統合します。

複数のサンプルの比較分析を 2D と 3D の両方で可視化することができ、医薬品開発、組織分解バイオマーカー研究、免疫組織化学を補完するトランスレーショナルな病理学研究など、多くのアプリケーションを可能にします。

SCiLS^™ Labは、組織から直接標的分子をMALDIイメージングで定量するための直感的なワークフローをサポートします。また、iprm-PASEF^® を使用して生成されたMALDI MS/MSイメージングデータを解釈し、MetaboScape^® と統合することで、化合物の分子アノテーションを確実に行うことができます。SCiLS^™ Ion Image Mapperは、MALDIイメージングベースの空間マルチオミクスデータを簡単に統合することができます。高度な組織病理学的解析のために、SCiLS™ Lab はデジタル病理学で広く利用されている強力なオープンソースソフトウェアQuPathへのインターフェースを提供します。

SCiLS™ Lab can be used for the processing and analysis of multiple MALDI Imaging datasets, allowing them to be loaded and arranged side by side. Compositions of data sets of virtually unlimited size can be visualized and statistically analyzed for detailed interpretation. SCiLS™ Lab can be used to generate and visualize 3D models from consecutive 2D MALDI Imaging datasets. Moreover, the SCiLS™ Ion Image Mapper can be used to fuse spatial multiomics data sets which can be jointly analyzed in SCiLS™ Lab, providing unparalleled actionable knowledge.

臨床病理学における大規模コホートサンプル
先駆的なバイオマーカー研究では、 識別イオン の発見は手動で行うか、カスタムスクリプトを使用して行われていました。バイオマーカー研究では分析すべきサンプル数が膨大なため、手動でのデータ分析は時間がかかり、エラーが発生しやすいです。SCiLS^™ Labでは、病態生理学的変化を識別する特徴的なスペクトルの自動解明を簡単に行うことができるようになりました。

SCiLS^™ Labは、ワンクリックですべてのイオンが異なる生物学的状態をどの程度識別しているかを自動的に定量化します。結果として得られた新規バイオマーカー候補のリストは、その後の分析のために簡単にエクスポートすることができます。

SCiLS™ Labのパワフルなデータマイニング機能をご覧ください。

全身イメージング
2006 年に実施された先駆的な研究において、全身 MALDI イメージングは、方法論だけでなく計算の側面にも挑戦しました。全身組織切片内の 薬物および代謝物の分布 を可視化するために、商用、学術用、およびカスタムのさまざまなソフトウェアを使用して、いくつかの手動データ処理が実行されました。

現在では、何百万ものスペクトルからなるデータセットのすべての処理が、1つのソフトウェアを使用して実行できるようになりました。SCiLS™ Lab は、1つの解析ファイルへの複数のデータセット登録から、スペクトルの前処理、包括的な統計解析まで、データ解析のワークフロー全体を提供します。