PepSep カラム

PEPSEPカラム＆エミッター

超高感度、ハイスループット、かつ優れた最大限の再現性を実現

高速液体クロマトグラフィー（HPLC）に使用する逆相カラムはピーク分離能を決定する重要な構成要素です。なかでもプロテオミクスの世界では高精度分離こそが高品質な分析を導きます。

科学者、研究者、そして臨床医はHPLCおよび質量分析（MS）システムに堅牢性、スピード、および感度を求めています。彼らの要求は、クロマトグラフィー分離において最小限のメンテナンスで大規模なサンプル量に対応できるシステムを持つ場合にあてはまります。プロセスを最適化する鍵はカラムの選択から始まります。最適なカラムを使えば高いスループットと超高感度を維持しながら正確なデータを収集でき、かつ再現性の高い結果が得られます。

そこで重要になるのが、カラムおよびヒントです。
(a) 液体クロマトグラフィー（LC）とMSの橋渡し役
(b) ペプチドの保持／活性部位への結合
(c) クロマトグラフィーの分離能

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omg OMx Podcast Episode 5 with Balyn Zaro

Dr.Balyn Zaro が PepSep などについて語る omg OMx Podcast をぜひご視聴ください。

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PepSepを使ったフロー

PepSep^TM C18カラムは、スピード、再現性、および感度を重視するアカデミックおよびコアラボで御愛用いただいているカラムです。なぜならばこのカラムはねじ込むだけで簡単に取り付けおよび取り外しが可能なデザインしたからです。

その結果、カラム交換に費やす時間を減らし重要なことに費やす時間を増やせます。PepSep^TM の消耗品とBruker ProteoScape^TM を搭載したtimsTOFシリーズを組み合わせることで、PASEF^®の高速スキャンでデータを取得する能力が強化され、経験値が向上します。

" PepSepカラムの性能には本当に驚かされます。PepSepカラムは、驚くべきハイスループットなプロテオミクスを達成するために不可欠なものとなりました。

ブルカー timsTOF Pro質量分析計とシームレスに連携するPepSepカラムは、バックプレッシャーを最小限に抑えながら、より高いナノ流量で分析することを可能にします。これは分析時間の短縮とサンプルスループットの大幅な向上につながります。"

David Gómez-Varela, Ph.D., Division of Pharmacology and Toxicology, University of Vienna, Vienna, Austria

PepSep^® Advanced: Designed for Consistent, High-Quality Protein and Peptide Separation

Advanced columns delivering superior sensitivity and resolution for cutting-edge proteomics.

Key Features

Leading Sensitivity: Detects low-abundance peptides with maximum confidence
Enhanced Peak Sharpness: Achieves precise separations for improved data clarity
Comprehensive Identifications: Expands protein and peptide discovery capabilities
Uncompromised Robustness: Optimized flow dynamics and lower backpressure for smoother and faster operation

Technical Specification

Part No.: 1919826
Dimensions: 25 cm x 75 µm x 1.5 µm
Stationary Phase: C18
Column type: reversed phase
Pore size: 100 Å (1.5 µm)
Surface area: 400 m²/g (1.5 µm)
Temperature limits: 60°C
Ultra-High-Pressure inlet (up to 1000 bar)
Patented nanoConnect® outlet
Flow rate: 100 - 500 nL/min
Applications: Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics, Plasma Proteomics, Analysis of PTM peptides, e.g., phosphopeptides

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Developed for Ultimate Sensitivity and Enhanced Peptide Coverage

Identified unique peptide and protein groups, from 0.25, 1, 4 and 16 ng HeLa Tryptic Digest injection on an PepSep^®Advanced column (25 cm x 75 µm x 1.5 µm) and Competitor A Column (pulled tip column, 25 cm x 75 µm x 1.7 µm). Samples were run on a nanoElute^® 2 coupled to a Bruker timsTOF Ultra 2, dia-PASEF^® acquisition. Data analysed using DIA-NN 1.8.1.

> 5000 Protein Groups with 250 pg sample amount

Identified unique protein groups, from various amounts of K562 injections on an PepSep^® Advanced column (25 cm x 75 µm x 1.5 µm) using a 22 min active gradient. Samples were run on a nanoElute^® 2 coupled to a Bruker timsUltra AIP, dia-PASEF^® acquisition. Data analysed using DIA-NN 1.8.1 and K562 lib-based.

Achieves precise separations for improved data clarity

Retention times and peak widths of Biognosys iRT Kit peptides (1 µL injection volume, 1/300 dilution of stock solution) on a PepSep^® Advanced column (25 cm x 75 µm x 1.5 µm) coupled to nanoElute^® 2 and timsTOF Ultra, using a 22-minute active gradient.

"The new PepSep column has proven to be robust and consistently delivers reproducible chromatography. It produces sharper, more symmetrical peaks with no observable tailing, resulting in a 7–8% increase in identifications. Combined with the convenience of interchangeable emitters and competitive pricing, it has become our go-to column. It’s essentially plug-and-play."

Lynn Spruce, Technical Director, CHOP-Penn Proteomic Core Facility, Philadelphia, USA

PepSep^® Classics: Versatile Solutions for Standard Proteomics Workflows

Reliable and versatile columns designed for routine proteomic analyses.

Key Features

Robust Durability: Engineered for consistent performance over extended use
Accelerated Throughput: Optimized for rapid analyses to increase laboratory efficiency
Exceptional Flexibility: Accommodates a wide range of separation tasks with ease
Cost-Effective Solution: Attractive pricing and longer lifespan with separated emitters

Technical Specifications

Part No.: various, see table
Dimensions: various, see table
Stationary Phase: C18
Column type: reversed phase
Pore size: 100 Å (1.5 µm) or 120 Å (1.9 µm)
Surface area: 400 m²/g (1.5 µm) or 300 m²/g (1.9 µm)
Temperature limits: 60°C
Ultra-High-Pressure inlet (up to 1000 bar)
Patented nanoConnect® outlet
Flow rate: various, see table
Applications: various, see table

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Choose from a wide range of columns feauturing various lenghts, inner diameters, and particle sizes:

Benefit	Application	Part No.	Description	Flow rate [nL/min]
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics, High Sensitivity	1893627	25 cm x 50 µm x 1.5 µm	50 - 200
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics, High Sensitivity	1893625	15 cm x 75 µm x 1.5 µm	150 - 750
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics, High Sensitivity	1893626	15 cm x 50 µm x 1.5 µm	50 - 300
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics, High Sensitivity	1895803	10 cm x 75 µm x 1.5 µm	150 - 1000
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics	1893477	25 cm x 75 µm x 1.9 µm	100 - 600
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics	1893473	15 cm x 75 µm x 1.9 µm	200 - 1000
Sensitivity	Single Cell Proteomics, Immunopeptidomics, General Proteomics	1893472	10 cm x 75 µm x 1.9 µm	150 - 1500
Optimization	General Proteomics, Plasma Proteomics, Mixed Samples, Gradient Versatility	1895838	40 cm x 150 µm x 1.5 µm	500 - 1000
Optimization	General Proteomics, Plasma Proteomics, Mixed Samples, Gradient Versatility	1893479	25 cm x 150 µm x 1.9 µm	500 - 2000
Optimization	General Proteomics, Plasma Proteomics, Mixed Samples, Gradient Versatility	1893471	15 cm x 150 µm x 1.9 µm	500 - 2000
Optimization	General Proteomics, Plasma Proteomics, Mixed Samples, Gradient Versatility	1893474	15 cm x 150 µm x 1.5 µm	500 - 1500
Throughput	General Proteomics, Plasma Proteomics, Mixed Samples, Gradient Versatility, High-Throughput	1893470	8 cm x 150 µm x 1.5 µm	500 - 5000
Throughput	General Proteomics, Plasma Proteomics, Mixed Samples, Gradient Versatility, High-Throughput	1895619	4 cm x 150 µm x 1.9 µm	500 - 5000

PepSep® Classic 50 cm x 75 μm x 1.5 μm

PepSep^® Classic 50 cm x 75 μm x 1.5 μm スペクトルライブラリー作成に不可欠なロンググラジエント用に設計されています。スペクトルライブラリーは、プロテオミクス、特に質量分析ベースのプロテオミクスにおいて重要な役割を果たします。

nanoElute 2 UHPLCに接続されたtimsTOF HTに取り付けられたPepSep® Classic 50 cm x 75 μm x 1.5 μmカラムに、異なる濃度のK562を注入しました。標準的なDDA PASEF法、1/k0 start 0.70, 1/k0 end 1.3を使用。結果はBruker ProteoScape™ 検索エンジンを用いて検索を行いました。

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PepSep^® Classic 5 cm x 150 μm x 1.5 μm:
A Short Column for High-Throughput Proteomics

ハイスループットなプロテオミクス用に設計されたPepSep^® Classic（5 cm x 150 µm x 1.5 µm）は、15分未満のグラジエントが可能です。このため、臨床サンプルの分析や薬剤ライブラリーのスクリーニングなど、スピードが要求されるアプリケーションに最適です。

新しいPepSep™ MAX HT（5 cm x 150 µm x 1.5 µm）カラムでK562濃度を変えて分離した結果。カラムはnanoElute^®とtimsTOF HTに接続した。5分と10分の2つの短いグラジエントを使用した。dia-PASEF 6x3法を用い、IMは0.6 1.k0開始、1.4 1/k0 終了とした。結果はDIA-NNで検索されました。

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PepSep^® Classic 25 cm x 75 μm x 1.5 μm:
Enhance Sensitivity

適切な正しいカラムの選択は容易なことではありません。タンパク質やペプチドの同定数を上げるためには、カラムを選択する決断があります。PepSep^®Classic（25cm x 75μm x 1.5μm）C18 HPLCカラムは、ルーチン分析から制限があるサンプルにわたり、高いタンパク質およびペプチドの同定数を実現します。

PepSep ULTRAカラム（25 cm x 75 µm x 1.5 µm）を使用し、で60分間のグラジエントで測定実行した濃度の異なるK562細胞消化物の異なる分解濃度からの結果に基づいています。PepSep ULTRAカラムはnanoEluteおよび、timsTOF HTに取り付けて測定を行いました。測定はを6×3のdia-PASEF^® ウィンドウを使い、Bruker ProteoScapeのリアルタイム機能によりデータ検索を行いました。

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PepSep^® Classic 25 cm x 150 μm x 1.5 μm: より深く、より広く、より迅速にプロテオミクスを実現

コアラボやアカデミックラボでは、より深いカバレッジ、より高いスループット、そしてより優れた同定数を実現するために、あらゆるアプリケーションに対応する単一のカラムソリューションを求めています。

PepSep^® Classic（25 cm x 150 µm x 1.5 µm）は、装置性能の向上に貢献し、PASEF® 高速スキャンスピードでのサンプルスループットと高い4D感度の両方を自由に実現し、未知の領域を深く掘り下げ、プラズマプロテオームの可能性を切り開くことを可能にします。

PepSep XTREME (25 cm x 150 µm x 1.5 µm) カラムを使ったによる、濃度の異なるK562細胞消化物の濃度の異なる 45 分および 60 分グラジエントでの測定結果です。PepSep XTREMEはnanoEluteおよびtimsTOF HTに取り付けて測定を行いました。測定は6x3 dia-PASEF®ウィンドウを使い、Bruker ProteoScapeのリアルタイム機能により検索を行いました。

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PepSep^® Classic 25 cm x 150 μm x 1.5 μm:
4D感度の向上がもたらす優れた性能

PepSep XTREME C18 HPLCカラムは、短いグラジエントと高いスループットのどちらかを選択するのではなく両方とも提供します。より優れたカバレッジ、高スループット、高感度、高い再現性でプロテオミクス分析を向上させる時が来ました。PepSep XTREMEとtimsTOF Pro 2を組み合わせると30分のグラジエントで5,500以上のタンパク質グループ、42,000以上のペプチドという、これまでにない高深度プロテオミクスを実現できます。

nanoElute UHPLCとtimsTOF Proを組み合わせ、200 ngのK562細胞消化物を5 mm Thermo Pepmapトラップカラムを使用し備えたPepSep XTREMEで測定実行しました。この実験では、デフォルトのショートグラジェントDDA MSメソッドをが使用されました。データはMSFraggerを使用して解析しました。

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PepSep^® Classic 10 cm x 150 μm x 1.5 μm:
Advancing Proteomics Research

科学者たちは、血漿プロテオームの解析において、より広いカバレッジとより高いスループットを達成するために、手法の微調整に時間を費やしています。

PepSep^®Classic 10 cm x 150 µm x 1.5 µmは、装置性能を向上させ、分析を促進します。timsTOF HTと組み合わせることで、4D-プロテオミクスに専念し、PASEF^® のスピードでハイスループットに1000サンプルを正確に分析することができます

PepSep™ MAX 20分および6分：健康なヒトドナー血漿からtimsTOF HTで測定した前駆体、ペプチドおよびタンパク質グループの同定。血漿はPreOmics iST-BCTキットを用いて調製した。ペプチド分離はnanoElute UHPLCとPepSep™ MAXカラムを組み合わせ、5.8分と20分のグラジエントで行った。両グラジエントとも200 ngを注入しました。データ解析にはSpectronaut 18とdirectDIA+を使用しました。

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PepSep^®Classic 10 cm x 150 μm x 1.5 μmカラムをtimsTOF HTに取り付け、200 ngの市販HeLa消化物を1日50サンプル（17.8分のグラジエント）分析したDDAおよびDIAの結果。dia-PASEF^®では、6x3のウィンドウスキームを使用しました。データ結果はBruker ProteoScape^™ 検索機能によりデータ検索を行いました。

より多くのサンプルを、より短時間で、より高い再現性で分析

プロテオミクスでは、価値のある豊富な意味のある豊富なデータを取得するためにハイスループットが要求されます。PepSep^® Classic 10 cm x 150 μm x 1.5 μm カラムは、そのためのお手伝いをします。今こそHPLCの能力を向上させる時です。

PepSep ULTRAカラムはペプチドやタンパク質の同定、特性解析、そして定量を行います。優れた再現性を持ち、一般的な主要なカラムと比較してを最大2倍またはそれ以上長持ちさせることができます。

" 当初は、Bruker timsTOF Pro質量分析計のみにPepSepカラムを使用していました。しかしその性能と手頃な価格に感心し今ではラボのすべての装置でPepSepカラムを使用しています。

このカラムは、最高のクロマトグラフィーでありながら、背圧を最小限に抑えるというスイートスポットを見事に突いています。従来のナノスプレーカラムと比較すると、より高い流速で使用でき、LCのオーバーヘッド時間を最小にできます。これはスループット、特に短いグラディエントを用いた数千のサンプル処理に極めて重要なことでした。 "

Danielle Swaney, Assistant Professor, Cellular Molecular Pharmacology, University of California, San Francisco, USA