NMR ソフトウェア

TopSpin

TopSpin®ソフトウェアの最新リリースである4.0は、新しいユーザーフレンドリーなGUIを特徴としており、産業界や学術研究機関の両方で利用される標準的なBrukerパルスシーケンスやユーザーが生成した実験のライブラリを含む膨大な実験ライブラリに容易にアクセスできます。
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ハイライト

TopSpin®ソフトウェアの最新リリースである4.0は、新しいユーザーフレンドリーなGUIを特徴としており、産業界や学術研究機関の両方で利用される標準的なBrukerパルスシーケンスやユーザーが生成した実験のライブラリを含む膨大な実験ライブラリへ容易にアクセスできます。このGUIは、カスタマイズされた実験ライブラリをドラッグ&ドロップで簡単に構築して整理することができ、実験のセットアップと最適化のための様々なオプションがあり、スクリプトベースのパラメータ調整が可能で、洗練された実験のセットアップを簡単かつ効率的に行うことができます。またGxP対応が必要なお客様向けに、複数のデータインテグリティの原則をサポートしています。

TopSpinは、完全にワークフロー指向のユーザーインターフェースとなっており、最適なメモリー使用のためにWindows / CentOS / macOSオペレーティングシステムの最新の64ビット機能を用います。新しいワークフロー指向で直感的なユーザーインターフェースと、最適化されたサンプルデータ管理によって、多くの革新的な機能が追加されており、操作とサンプル分析のスループットを高速化し、より高いコスト効率を実現します。

TopSpinは、ワープロ、グラフィックス、プレゼンテーションプログラムで最も普及している標準規格を採用した、非常に直感的なインターフェースとなるように設計されており、Windows®、Linux®、Mac上で同じ外観と操作性のNMRアプリケーションを提供しています。

 

特長

TopSpinの特長

  • AvanceおよびFourier分光計のフルコントロール
  • 業界標準の直感的なユーザーインターフェース、ルーチンユーザーと専門家の両方に最適なソリューション
  • 一次元あるいは多次元スペクトルの処理・表示・解析のための総合的な機能
  • 測定の補助機能
  • 先進的なNon Uniform Sampling法
  • 無制限のオフラインデータ処理機能
  • 低分子の特性評価
  • BioToolsTM による容易な生体分子のNMR測定
  • メソッド開発環境
  • 結果レポート、ブルカー標準定義およびユーザー定義のレイアウト
  • Dynamic NMRを含む固体NMRの線形解析
  • CMC-seTMを用いた低分子のシンプルかつ効率的な構造解析
  • GxP対応のために利用可能なサポートツール(監査証跡、電子署名、自動アーカイブなど)
  • 学生や大学専用のライセンス

アプリケーション

Non Uniform Sampling

Non Uniform Sampling (NUS)を用いたスペクトル測定および処理機能は、TopSpin 3.0から完全に統合されました。ルーチンで使用することができ、あらゆる種類の多次元NMR実験に適用できます。自動で生成され、最適化されたNUSスパースリストは、ランダムにかつ不連続にFIDを取得するサンプリングパターンを定義します。MDD法により欠損データポイントを計算することで、データポイントを再構築し、通常のフーリエ変換処理を可能にします。

2Dスペクトルの低分子アプリケーションでは、たとえば、取り込むポイント数を半分に設定すると、2倍の速さでスペクトル測定が可能です。 ここで特に注目されるのは、全体の測定時間を増やすことなく、NUSによって提供されるスペクトル分解能と品質が向上する点です。

NUSは、高分解能多次元NMR実験の長時間かかるという問題を解消します。特に生体分子NMRのための多次元実験に有用であり、三次元、四次元、五次元実験と次元が上がるにつれてシグナルの分離能が上がるので、さらにNUS向きとなります。その結果、サンプリングするポイント数をさらに減らすことができるので時間短縮の効果がいっそう増します。 NUSを使用することで、新しいタンパク質構造決定実験が可能になります。

NUS実験のセットアップと実行はTopSpinライセンスでカバーされ、2Dスペクトルの処理も含まれます。3D - 5D NUSスペクトルの処理には、追加ライセンスが必要です。

TopSpinにおけるNUSの実装は、Orekhov教授との共同研究の成果です。TopSpin 3.0のNUSは、NUSのスケジュールやMDD法による再構築などの実績のあるアルゴリズムやプログラムを利用しています。(Orekhov, V.Y., I. Ibraghimov, and M. Billeter, J. Biomol. NMR, 2003. 27(2):p. 165-173)

仕様

TopSpinのユーザーインターフェース

  • 直感的な業界標準のユーザーインターフェース、ルーチンユーザーと専門家のいずれにも最適なソリューション
  • 一次元あるいは多次元スペクトルの処理・表示・解析のための総合的な機能
  • 測定補助機能
  • 結果レポート、ブルカー標準定義およびユーザー定義のレイアウト
  • デコンボリューション/スペクトルシミュレーション/イテレーション
  • 各ユーザーによるカスタマイズ(実験、コマンド、ツールバー、ワークフロー)
  • 総合的な文書
  • PC(Windows / Linux)またはMac
  • 法規制対応(GLP、GMP)支援ツール(監査証跡、電子署名、自動アーカイブ)
  • 様々なアプリケーションに柔軟に対応するソフトウェアライセンス
  • 学生や大学向けの特別なライセンス

サポートされているオペレーティング システム

TopSpin 4は64ビットのオペレーティングシステムが必要です。分光計の制御にはWindows 7, 10, CentOSが必要です。解析用のTopSpinはmacOSにも対応しています。サポートされているオペレーティングシステムの詳細はこちらを参照してください。

CentOSでTopSpinを正常にインストールして実行するには、追加のパッケージが必要です。

https://repo-bbio.bruker.com/CentOS/5/TopSpinInstallationRequirements.html

https://repo-bbio.bruker.com/CentOS/7/TopSpinInstallationRequirements.html

スペクトル測定および処理用パッケージ

  • NUS Professional Processingパッケージ
  • 低分子構造解析(オプション)
  • 構造確認分析(オプション)
  • 構造化学シフト予測(オプション)
  • BioTools™ - タンパク質のNMR分析が容易に
  • 固体の線形解析

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